Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 INPP4A-204ENST00000409540 3231 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 SPACA4-201ENST00000321762 972 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 C1QC-202ENST00000374639 1183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 ATP5G3-202ENST00000392541 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 KRT18P34-201ENST00000488218 1270 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 PPP6R1-201ENST00000412770 3961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 ZNF84-201ENST00000327668 7162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 MYEOV-203ENST00000535407 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 AC005622.1-201ENST00000636801 1703 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 YY1-201ENST00000262238 6697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 CSAD-208ENST00000444623 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 ADAM6-201ENST00000606026 1843 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 VMO1-203ENST00000416307 712 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 MARVELD3-206ENST00000567566 850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 RGS11-202ENST00000316163 2376 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 SLC25A22-201ENST00000320230 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 LRRC42-201ENST00000319223 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 DOC2GP-204ENST00000639052 2548 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 F10-202ENST00000375559 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 MFSD2B-202ENST00000406420 1528 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 CIAPIN1-209ENST00000567518 2016 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 NR2C1-219ENST00000622476 1561 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
ATG4BQ9Y4P1 SLC6A9-204ENST00000372307 2162 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 C17orf100-201ENST00000542475 1756 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 SMN1-201ENST00000351205 900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 SMN2-201ENST00000380741 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
ATG4BQ9Y4P1 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.9 ms