Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 KLRG1-201ENST00000266551 1335 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ZFAND6-211ENST00000559157 1559 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PIGT-207ENST00000543458 2037 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TEX26-AS1-201ENST00000411835 1203 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 ZNF815P-202ENST00000422825 805 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 C11orf98-201ENST00000524958 654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 AC080080.1-201ENST00000625121 2420 ntBASIC16.58■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TRIM50-202ENST00000453152 1599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
COL4A3Q01955 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 EPN2-203ENST00000395618 2216 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 GLIPR2-205ENST00000619700 1645 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC034102.5-201ENST00000548731 540 ntTSL 4 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 EIF4ENIF1-202ENST00000344710 3115 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PRR5-218ENST00000624862 1900 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PDE6D-201ENST00000287600 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 HOPX-203ENST00000381255 1164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC084864.1-201ENST00000496217 305 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SPDYE16-201ENST00000515340 858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC008115.1-201ENST00000542291 150 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 HOPX-210ENST00000553379 1001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC013451.1-201ENST00000554552 518 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 HOPX-212ENST00000555760 1139 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 HOPX-213ENST00000556376 1064 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AL122035.1-201ENST00000556640 550 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC000032.1-201ENST00000562538 491 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AP005482.1-201ENST00000563722 1273 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC093726.1-201ENST00000608064 963 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AL391650.2-201ENST00000640097 941 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 DUSP14-204ENST00000613659 1559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SNX2-213ENST00000514949 2119 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TMEM132A-201ENST00000005286 3480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TRMT112-201ENST00000308774 561 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AKIP1-202ENST00000309357 1232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 RPS24-203ENST00000435275 656 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC099754.1-201ENST00000435884 454 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 STARD4-205ENST00000505803 803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 STARD4-207ENST00000509887 1186 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 MIR4321-201ENST00000592276 80 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
COL4A3Q01955 RPS24-214ENST00000613865 538 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms