Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 ZSCAN2-213ENST00000541040 965 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 POLE2-203ENST00000553805 496 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 AC016727.1-204ENST00000578974 420 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 CT62-201ENST00000449977 1825 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
HOXC9P31274 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 GPR149-201ENST00000389740 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 ZNF839-202ENST00000442396 2987 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 TBC1D10A-203ENST00000403362 1833 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 PQLC2L-201ENST00000312275 1201 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 OSM-203ENST00000403463 464 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 TNFRSF14-202ENST00000409119 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 CSF1R-209ENST00000543093 921 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 PCGF3-213ENST00000620529 1899 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 SIRT6-202ENST00000337491 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 FLT1-207ENST00000615840 6453 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 NPBWR2-201ENST00000369768 1352 ntAPPRIS P1 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 MFSD14A-201ENST00000370152 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 FOXR1-201ENST00000317011 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AQP7-204ENST00000379506 1062 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 RAC2-203ENST00000405484 842 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AL109741.1-201ENST00000432195 403 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 TMEM205-208ENST00000587948 688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 TMEM205-211ENST00000589555 788 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 PHOSPHO2-207ENST00000616524 1253 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 CLCF1-201ENST00000312438 1844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 CDC25B-204ENST00000379598 2990 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 SH3YL1-206ENST00000405430 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 NOV-201ENST00000259526 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 SNN-201ENST00000329565 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 FTH1-201ENST00000273550 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AL357497.1-201ENST00000436249 666 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 FTH1-202ENST00000526640 786 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
HOXC9P31274 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms