Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 KRTAP5-9-201ENST00000528743 1136 ntAPPRIS P1 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC069262.1-201ENST00000539058 672 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TRAPPC6A-202ENST00000585934 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 IRF1-211ENST00000613424 821 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 HSF2-201ENST00000368455 2549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PRRT4-205ENST00000489835 2313 ntTSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 RASGRF1-203ENST00000558480 6237 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.3■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 FST-201ENST00000256759 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CLIP4-201ENST00000320081 4293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 EVPL-201ENST00000301607 6614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC139713.2-201ENST00000641328 2723 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ADARB1-204ENST00000389863 3563 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CBS-201ENST00000352178 2583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 BBS7-204ENST00000506636 2570 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC004865.2-202ENST00000444348 852 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 NR2C2AP-204ENST00000538165 891 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PTHLH-207ENST00000539239 890 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 KRT8P23-201ENST00000560090 1207 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ACTN3-203ENST00000513398 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 NOS1AP-206ENST00000530878 2894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AL109955.1-201ENST00000417346 1540 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 GIMAP1-201ENST00000307194 4420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 HLF-201ENST00000226067 5547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MZF1-206ENST00000599369 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.29■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ERBB2-205ENST00000578199 2526 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 IL27RA-201ENST00000263379 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SERPINB6-201ENST00000335686 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AC011474.1-201ENST00000582581 2582 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ITSN1-209ENST00000399352 5408 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CABP5-201ENST00000293255 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 OSTC-201ENST00000361564 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 RNASEH1-AS1-202ENST00000438436 1218 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 IQSEC2-204ENST00000485377 835 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 LINC01225-203ENST00000563550 1244 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 WT1-AS_2.1-201ENST00000613208 137 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
CCDC3Q9BQI4 SLIT1-204ENST00000371070 4564 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.6 ms