Protein–RNA interactions for Protein: Q13485

SMAD4, Mothers against decapentaplegic homolog 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMAD4Q13485 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
SMAD4Q13485 GLRB-207ENST00000541722 2765 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMAD4Q13485 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMAD4Q13485 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMAD4Q13485 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMAD4Q13485 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMAD4Q13485 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMAD4Q13485 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMAD4Q13485 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMAD4Q13485 HDAC10-202ENST00000349505 1950 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMAD4Q13485 MAPRE3-201ENST00000233121 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
SMAD4Q13485 TMSB15B-201ENST00000419165 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 PAQR6-214ENST00000613336 1599 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 CHMP5-201ENST00000223500 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AC020907.1-201ENST00000616460 1350 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 HOXB-AS1-201ENST00000435312 806 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 TMEM225B-203ENST00000453227 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 OSGIN2-203ENST00000520659 801 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AC013565.3-201ENST00000565547 450 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AC027601.2-201ENST00000571085 805 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 IL32-235ENST00000613483 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 TNPO2-203ENST00000450764 4993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 KIF1BP-201ENST00000361983 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 STK25-203ENST00000403346 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AC093525.9-201ENST00000624961 1746 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 LAMP1-201ENST00000332556 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 RHOT2-201ENST00000315082 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 CD1E-212ENST00000368167 1458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 UBA6-AS1-201ENST00000498917 1445 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 MXRA8-202ENST00000342753 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AC068446.2-201ENST00000500487 2165 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 S100A16-201ENST00000368703 946 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 CYB561D1-202ENST00000369868 1085 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 MAGEA12-203ENST00000393900 1299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AC106772.2-201ENST00000515085 442 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AC009163.1-201ENST00000530512 573 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AC120498.3-201ENST00000568884 542 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 TBC1D16-205ENST00000572862 1141 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AC010319.3-201ENST00000597028 470 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 LHX9-204ENST00000367391 1623 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 TMEM179-201ENST00000341595 2513 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 TUBB1P1-201ENST00000503144 1300 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 H1FOO-201ENST00000324382 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 SLC25A1P3-201ENST00000395415 828 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 NUDT1-206ENST00000397049 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 HLA-DPB2-205ENST00000435074 1188 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 USP32P1-208ENST00000506594 1164 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 IL32-231ENST00000551513 791 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC17.06■□□□□ 0.32
SMAD4Q13485 AC012615.4-201ENST00000586694 607 ntTSL 4 BASIC17.06■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61 ms