Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 MAP3K8-207ENST00000542547 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 KCNC4-204ENST00000438661 2953 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 SLC22A18-206ENST00000449793 1225 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 AP001350.2-201ENST00000625104 1094 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
LHX3Q9UBR4 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 MFSD2A-201ENST00000372809 2173 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PRODH-202ENST00000334029 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 VPS51-201ENST00000279281 2714 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 SEPT11-201ENST00000264893 5593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 GLRB-201ENST00000264428 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CCNL2-203ENST00000408952 1857 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PRPF19-201ENST00000227524 2157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 HOXB6-203ENST00000484302 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 SPERT-201ENST00000310521 1613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 TBX4-201ENST00000240335 2470 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CDK2AP2P3-201ENST00000422476 372 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 IL32-212ENST00000526464 1198 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 IL32-217ENST00000530538 674 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 U1.21-201ENST00000580816 167 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 ADARB1-201ENST00000348831 6882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CD9-203ENST00000382518 1556 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CRTC3-201ENST00000268184 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 SPIDR-227ENST00000541342 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 RHOU-201ENST00000366691 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CFAP45-201ENST00000368099 1842 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PNRC1-202ENST00000354922 1345 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 HPSE-207ENST00000513463 1458 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PTGES3-201ENST00000262033 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 SDCBP-201ENST00000260130 2167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 ATP23-201ENST00000300145 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC17■□□□□ 0.31
LHX3Q9UBR4 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC17■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms