Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 AL157392.3-207ENST00000601758 744 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 RUVBL1-201ENST00000322623 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 OVOL1-203ENST00000532448 1774 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 DNM1-211ENST00000627061 2724 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 RTN4RL2-202ENST00000395120 582 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 HHEX-203ENST00000492654 808 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 CSF1R-209ENST00000543093 921 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 MFF-201ENST00000304593 2004 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 AC124944.1-201ENST00000448113 625 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 GIMAP3P-201ENST00000495150 836 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 EI24-214ENST00000620753 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 HOXA5-201ENST00000222726 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 IL11RA-215ENST00000602473 1388 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 AL021920.2-201ENST00000624828 1351 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 PITPNM2-209ENST00000546049 1793 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 AL353705.2-201ENST00000428243 662 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 TGFA-205ENST00000444975 985 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 ACAP1-208ENST00000574499 412 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 KRT84-201ENST00000257951 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 C11orf88-202ENST00000375618 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 AC016727.1-204ENST00000578974 420 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 AL138688.1-201ENST00000624851 1594 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 GOLGA2P9-201ENST00000596977 1937 ntBASIC22.2■■□□□ 1.15
COL18A1P39060 HECTD2-203ENST00000371681 2175 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 AGER-204ENST00000375067 1250 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 H2AFV-207ENST00000446531 1041 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 BECN1-201ENST00000361523 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
COL18A1P39060 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms