Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 AD000864.1-201ENST00000624076 2295 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 TLNRD1-201ENST00000267984 4845 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PEX14-201ENST00000356607 1985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 TEAD4-201ENST00000358409 1637 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CPXM1-201ENST00000380605 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PIGP-207ENST00000464265 3437 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 TTLL12-201ENST00000216129 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 NF2-208ENST00000403435 2568 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 MRPL23-201ENST00000381514 919 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 VPS13A-AS1-201ENST00000415172 519 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC005104.2-201ENST00000427818 678 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CBL-204ENST00000634840 4813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 MAGEA3-203ENST00000598245 1762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 MAGEA6-204ENST00000616035 1762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ZNF697-201ENST00000421812 5041 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 TOR2A-205ENST00000463577 2211 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CD1E-205ENST00000368160 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 UQCC3-201ENST00000377953 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 MFSD2A-203ENST00000420632 1914 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 BDKRB1-201ENST00000216629 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 SAMD11-215ENST00000618779 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 DOC2A-208ENST00000564944 1782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CD248-201ENST00000311330 2558 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ABALON-201ENST00000629058 1903 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 RAMP1-201ENST00000254661 910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AGPAT3-201ENST00000291572 5546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC098831.1-202ENST00000438821 336 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC004801.5-202ENST00000546804 530 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 AC118553.2-202ENST00000638792 2729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 PEX10-201ENST00000288774 2871 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 C6orf118-201ENST00000230301 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 NFATC4-228ENST00000556759 2025 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 SRSF12-201ENST00000452027 3599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
HOXD4P09016 MYLK2-202ENST00000375994 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms