Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 LUC7L2-202ENST00000354926 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 RUSC1-214ENST00000490373 1700 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 AC004540.1-203ENST00000421862 907 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 NDUFA10-202ENST00000307300 1313 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 FTCDNL1-204ENST00000622774 1997 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 SGO1-208ENST00000437051 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 TVP23C-204ENST00000438826 1852 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 CD24-201ENST00000606017 2180 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 GRK6-202ENST00000355958 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 ATAD3A-207ENST00000536055 2332 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 DNAJA3-202ENST00000355296 2591 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 NUDT8-201ENST00000301490 809 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 SYTL3-202ENST00000360448 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 EXT2-202ENST00000358681 2997 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 HSPA8-224ENST00000534624 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 FN1-208ENST00000426059 2388 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 CRAMP1-201ENST00000293925 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 TNRC18P3-201ENST00000441896 2691 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
TRIM56Q9BRZ2 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms