Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AVPR1B-201ENST00000367126 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 IFI6-201ENST00000339145 822 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 GUCA2B-201ENST00000372581 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 DUT-205ENST00000558813 769 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP22-206ENST00000435790 2595 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ACBD3-201ENST00000366812 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ZNF687-201ENST00000324048 5378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 LYPLA2-205ENST00000374514 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SAMD11-214ENST00000618323 2159 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 KRAS-203ENST00000556131 1696 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ITGB1BP1-204ENST00000360635 4859 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 IMP4-201ENST00000259239 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 PHKA1-202ENST00000373539 4476 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 CADM3-201ENST00000368124 2546 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 LIMD2-211ENST00000583211 1298 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 MIMT1-202ENST00000599641 1290 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC004263.2-201ENST00000617183 678 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AL023973.1-201ENST00000624619 620 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 RAB40C-205ENST00000539661 2609 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 C3orf58-201ENST00000315691 4346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 TMC6-216ENST00000590602 5268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 KIZ-211ENST00000619574 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 C1orf159-204ENST00000379339 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 LAT-204ENST00000395461 1448 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 LINC01105-206ENST00000456327 1434 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 RWDD1-202ENST00000466444 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SCNN1D-206ENST00000400928 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 COMMD1-201ENST00000311832 911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 MMEL1-201ENST00000378412 2849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
CCDC54Q8NEL0 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37 ms