Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 DIO3-201ENST00000510508 2102 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MRM1-204ENST00000614766 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 DAG1-220ENST00000539901 5665 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 SIRT6-203ENST00000594279 1507 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 LHX3-202ENST00000371748 2365 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 FBXO44-205ENST00000376768 959 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 HYPK-202ENST00000442995 1051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 FTCD-AS1-201ENST00000446649 500 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 MUTYH-237ENST00000531105 501 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 POLD4-207ENST00000531239 584 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 NAA60-208ENST00000570819 833 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 KCNC2-204ENST00000540018 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 RPS6KA3-201ENST00000379565 7918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 BEAN1-202ENST00000536005 1988 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 NDRG2-227ENST00000554143 1980 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 SIM2-201ENST00000290399 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 EIF4E3-201ENST00000295612 2764 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 TFAMP1-201ENST00000412727 736 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC096734.2-201ENST00000562054 433 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 RCAN3-211ENST00000630217 658 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 KCNN2-207ENST00000610748 2091 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC060780.1-201ENST00000635600 1782 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 FOXL2-201ENST00000330315 2917 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 GPC5-201ENST00000377067 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 PAX1-201ENST00000398485 2838 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 USP48-204ENST00000400301 4309 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 TOM1L1-202ENST00000445275 2228 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 KRT8P47-201ENST00000604727 1398 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 PLXNB2-214ENST00000614805 1387 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 TRAPPC12-202ENST00000382110 2483 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 RNF212-202ENST00000382968 2335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
COL8A1P27658 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.7 ms