Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PTTG1IP-203ENST00000397887 2413 ntTSL 4 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 IL4I1-201ENST00000341114 2349 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AC087457.1-201ENST00000503496 2727 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 EVA1C-202ENST00000382699 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 GSTO1-202ENST00000369713 972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 TK1-204ENST00000590430 683 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PRPF31-202ENST00000391755 1767 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 ISOC1-201ENST00000173527 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 ORC5-208ENST00000626700 344 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 ARMC6-202ENST00000392335 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 FAM53C-202ENST00000434981 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 SPHK2-211ENST00000600537 2136 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 RNH1-201ENST00000354420 1894 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 LINC01640-201ENST00000452505 550 ntTSL 4 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 CXCL1P1-201ENST00000502804 216 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 HIST1H2BN-204ENST00000612898 1723 ntAPPRIS P1 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 JMJD6-205ENST00000585429 1330 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 ELN-202ENST00000320399 2274 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 TMEM225B-202ENST00000431679 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 ACSL6-205ENST00000379246 2622 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AC022145.2-201ENST00000598203 171 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 TMIGD2-203ENST00000600114 489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AL157832.3-201ENST00000635764 1005 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 KRT16P6-201ENST00000417510 1873 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 CLDN6-201ENST00000328796 1369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 C1orf159-205ENST00000421241 1841 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AL109827.1-203ENST00000541176 872 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 MST1R-214ENST00000613534 2025 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PFKFB3-219ENST00000640683 2311 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PDCL3-201ENST00000264254 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 RPAP3-203ENST00000432584 2133 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 PRLH-201ENST00000165524 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP54Q70EL1 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms