Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 RNPS1P1-201ENST00000507437 918 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 YPEL3-209ENST00000566595 796 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 LTBP3-217ENST00000530785 2461 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 MEN1-201ENST00000312049 2761 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 MCOLN2-201ENST00000284027 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 DKK3-202ENST00000396505 2650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PLEKHB2-204ENST00000409158 2277 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 INAVA-202ENST00000413687 2197 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 DYNLL1-209ENST00000550845 1376 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 EVI5L-201ENST00000270530 3855 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 OTUD1-201ENST00000376495 2933 ntAPPRIS P1 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 LRRC27-201ENST00000344079 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TRIM41-202ENST00000351937 2696 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PITPNA-AS1-201ENST00000425081 542 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ANKRD34C-AS1-205ENST00000560452 576 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC012615.5-201ENST00000592720 581 ntTSL 4 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 SIGIRR-202ENST00000397632 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 SMOC2-206ENST00000535039 1875 ntTSL 5 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 KLK5-201ENST00000336334 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 SCARNA2-201ENST00000458748 420 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 GPX4-212ENST00000616066 924 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 HOXA11-AS1_5.1-201ENST00000620211 203 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AP5B1-201ENST00000532090 4811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 IGFALS-202ENST00000415638 2136 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 CCDC188-201ENST00000439765 1475 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 FLT3LG-204ENST00000595510 1301 ntTSL 5 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PRSS23-209ENST00000533902 2043 ntTSL 4 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 RPL32-202ENST00000396953 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 DLGAP4-206ENST00000475894 3110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 KRT81-201ENST00000327741 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 KLHL7-201ENST00000322275 969 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.41■□□□□ 0.38
CCDC3Q9BQI4 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC17.41■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.7 ms