Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 MLLT10-203ENST00000377072 5126 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 TMIGD2-201ENST00000301272 1262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AP000523.1-201ENST00000398242 1049 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC009487.1-202ENST00000437683 402 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 NEK4P2-201ENST00000580004 1012 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 JOSD2-204ENST00000598418 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 FFAR4-203ENST00000604414 1142 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 IQSEC3-203ENST00000538872 7094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AHRR-201ENST00000316418 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 OR13J1-201ENST00000377981 1339 ntAPPRIS P1 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC006116.8-202ENST00000587620 1550 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ABO-203ENST00000611156 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 FBXW9-203ENST00000587955 1437 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 ZNF302-201ENST00000423823 2590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 FXYD6-204ENST00000526014 2171 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 BUD23-201ENST00000265758 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AIF1L-203ENST00000372298 849 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 FAM182B-202ENST00000376404 456 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 TMEM185A-204ENST00000507237 903 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC011773.3-202ENST00000549291 790 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SQOR-201ENST00000260324 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 TDRD6-201ENST00000316081 6817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC54Q8NEL0 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 PDIA2-202ENST00000404312 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 JPH2-201ENST00000342272 1923 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 SAR1B-208ENST00000507419 2287 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 REPS1-202ENST00000367663 2607 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 GPX4-207ENST00000589115 812 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 TCF4-201ENST00000354452 3482 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 NOVA2-201ENST00000263257 7803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 JMJD1C-202ENST00000399262 8666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 ADSL-202ENST00000342312 1808 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 CHAC1-202ENST00000446533 1849 ntTSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 GINM1-201ENST00000367419 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 ARPC4-201ENST00000397261 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 PCDHGC5-202ENST00000610789 2763 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 SCHIP1-205ENST00000482804 1799 ntTSL 5 BASIC15.7■□□□□ 0.1
CCDC54Q8NEL0 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC15.7■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.4 ms