Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 MIR3936HG-202ENST00000457998 733 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 SSSCA1-206ENST00000531405 879 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 KHDC1-207ENST00000610435 1101 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 WWC3-201ENST00000380861 6647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 TMEM222-201ENST00000374076 1599 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 C18orf21-205ENST00000592875 1581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 TMEM128-201ENST00000254742 1737 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ABHD13-201ENST00000375898 5338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PLEKHG5-207ENST00000400913 4698 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 FPGS-201ENST00000373225 2278 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 RABAC1-201ENST00000222008 821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ZNF414-201ENST00000255616 1178 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 VKORC1-205ENST00000394975 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 RMI2-205ENST00000576027 818 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 RABAC1-208ENST00000601078 728 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
VPS54Q9P1Q0 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 STXBP2-201ENST00000221283 1876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 NUDT10-202ENST00000376006 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 TRAF3-203ENST00000392745 2459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC20.83■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 FAM72C-201ENST00000369175 1658 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 FAM72B-207ENST00000619376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AL031658.1-201ENST00000449519 2013 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 GPSM2-201ENST00000264126 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CD40-202ENST00000372285 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ADRA1A-201ENST00000276393 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ACP5-201ENST00000218758 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 BTNL9-202ENST00000376841 1626 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 SLC12A5-210ENST00000616202 2445 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 PNCK-203ENST00000370145 1455 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 RPLP0-219ENST00000551150 1344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 NOX4-201ENST00000263317 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 PLA2G4C-222ENST00000599921 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CISD2-201ENST00000273986 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 ZNF575-201ENST00000314228 1298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS54Q9P1Q0 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.5 ms