Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 PRSS38-201ENST00000366757 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 AL049795.1-201ENST00000373604 642 ntTSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 LSM5-204ENST00000409909 740 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 NDUFB9-204ENST00000518008 789 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 ERCC5-207ENST00000535557 1125 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 IGHV3OR16-7-201ENST00000604106 360 ntBASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 VPS51-217ENST00000639871 243 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 SIDT2-217ENST00000532062 2143 ntTSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CSF3-206ENST00000577675 1360 ntTSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.65■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 PTBP1-220ENST00000627714 2201 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.42
CCDC3Q9BQI4 C5orf47-201ENST00000340147 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ISLR2-208ENST00000565159 2824 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 RSPH14-201ENST00000216036 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 VAMP5-201ENST00000306384 689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SUSD4-203ENST00000344029 1056 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 LEF1-AS1-201ENST00000436413 1045 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AL356056.2-201ENST00000506914 669 ntTSL 4 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 FAM110A-201ENST00000246100 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 FAM124A-202ENST00000322475 4761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 C6orf141-206ENST00000529246 1450 ntAPPRIS P1 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC009102.3-201ENST00000623118 1491 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 PLPBP-201ENST00000328195 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ANKRD6-202ENST00000369408 5258 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 DUSP15-204ENST00000398083 1212 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 METTL23-215ENST00000615984 1171 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 IL17RC-215ENST00000455057 2244 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 IL10RB-201ENST00000290200 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 FOXO3-202ENST00000406360 7341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC099343.3-201ENST00000605834 2503 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 INF2-204ENST00000398337 1689 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SLC27A1-204ENST00000598424 2681 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 VAV2-203ENST00000406606 4691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 ECSIT-202ENST00000270517 1700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 C6orf223-202ENST00000439969 2757 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 HOXB-AS2-201ENST00000464382 845 ntTSL 4 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AP005717.1-202ENST00000523563 419 ntTSL 3 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 FAM220A-205ENST00000578372 207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 BNIP3P18-201ENST00000593976 575 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC3Q9BQI4 AC005258.1-201ENST00000621615 1268 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms