Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 MTSS1L-204ENST00000616026 2241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 RPL3-201ENST00000216146 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CACTIN-201ENST00000221899 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PCAT7-201ENST00000452148 1164 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AP000721.2-201ENST00000537170 650 ntTSL 4 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC135586.2-201ENST00000537262 567 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 BRICD5-203ENST00000566018 555 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 IFNL4P1-201ENST00000607083 540 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AL592071.1-201ENST00000611956 408 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TUBA3FP-202ENST00000422086 1974 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CRMP1-202ENST00000397890 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 LINC00960-201ENST00000463183 1333 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC008764.1-201ENST00000409035 2567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC004870.1-201ENST00000315132 882 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 GGT1-204ENST00000401885 968 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC008738.3-201ENST00000589932 659 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC012366.1-201ENST00000615411 473 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SLC2A14-214ENST00000542505 1650 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PLIN5-201ENST00000381848 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TAF6-211ENST00000453269 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 WNT8A-204ENST00000506684 1543 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 RIPK2-201ENST00000220751 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TMEM8B-204ENST00000439587 2150 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TRIM47-201ENST00000254816 2266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
USP4Q13107 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 EVC-201ENST00000264956 6431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 LYNX1-204ENST00000614491 4708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AL163051.1-201ENST00000569214 1512 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 INSL3-201ENST00000317306 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 NFIB-201ENST00000380921 1274 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AL732292.2-201ENST00000609649 430 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 AC233702.3-201ENST00000578656 1387 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
USP4Q13107 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
USP4Q13107 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.63
USP4Q13107 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
USP4Q13107 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 NRN1-204ENST00000622188 1795 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 WBP2-219ENST00000626827 1867 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 OSTM1-201ENST00000193322 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 USP49-202ENST00000373010 2446 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 IL34-201ENST00000288098 1607 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 LRRC23-209ENST00000443597 1628 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 SEC14L2-215ENST00000617837 2632 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 CXorf40A-202ENST00000393985 1148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 MOBP-204ENST00000420739 940 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
USP4Q13107 RNF144A-AS1-205ENST00000439208 757 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
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