Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 KCNE1B-204ENST00000623803 811 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 EBLN3P-205ENST00000629870 958 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 BCL11A-209ENST00000489516 1508 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 LGI4-201ENST00000310123 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 RXRB-202ENST00000374685 2846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 LUC7L-201ENST00000293872 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 LRRN4CL-201ENST00000317449 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 MAPT-209ENST00000446361 5345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 CCDC74B-202ENST00000392984 1353 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 NLGN2-204ENST00000575301 4374 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 AC006333.2-201ENST00000607957 2099 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 PDZD7-201ENST00000370215 2032 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 SHISA5-220ENST00000619810 2385 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 KCNK7-202ENST00000342202 1283 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 FIBP-202ENST00000357519 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 TTTY14-203ENST00000447937 920 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 YPEL3-204ENST00000563788 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 NUTF2-205ENST00000568396 1179 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 ADPGK-201ENST00000311669 2557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 DMRTA2-201ENST00000404795 3137 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 RPP25-201ENST00000322177 3049 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 FOXN3-214ENST00000557258 2692 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 GTF2H4-201ENST00000259895 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 TOX2-205ENST00000423191 1709 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 ILDR2-203ENST00000469934 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 SIX5-203ENST00000560168 1975 ntTSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 CYP2E1-205ENST00000463117 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 AMACR-205ENST00000426255 1316 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 PGLS-201ENST00000252603 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 HIST1H2AI-201ENST00000358739 503 ntAPPRIS P1 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 AP000593.1-201ENST00000393668 712 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 AP001625.2-201ENST00000442605 575 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 MYD88-211ENST00000495303 976 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 AC090616.6-201ENST00000582640 721 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 TNNT1-204ENST00000585321 995 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 DENND2A-201ENST00000275884 3735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 MFSD11-220ENST00000621483 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 DMPK-204ENST00000447742 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 ASCL5-202ENST00000458416 1420 ntAPPRIS P1 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 NR4A2-204ENST00000409572 2878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 SLC50A1-201ENST00000303343 1137 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 CXCL12-204ENST00000395793 665 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 NUS1P1-201ENST00000446295 882 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 AP003733.1-201ENST00000491725 852 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 STK32A-AS1-201ENST00000504297 863 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 MIR2117HG-201ENST00000588060 506 ntTSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 SCOC-208ENST00000510586 2193 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXD4P09016 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 SLC22A1-202ENST00000366963 1948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 INTS10-201ENST00000397977 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXD4P09016 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms