Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AQP5-201ENST00000293599 1450 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 IFRD2-202ENST00000417626 2109 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 KRT18P65-201ENST00000439811 1286 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 RAB42-202ENST00000465518 857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AC012640.2-201ENST00000561606 901 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 BEAN1-203ENST00000561796 1078 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 NIFK-201ENST00000285814 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC23.07■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 INSM1-201ENST00000310227 2829 ntAPPRIS P1 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 LDLRAD4-211ENST00000587757 2171 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 IGLL1-202ENST00000330377 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 SDC1-203ENST00000403076 1523 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 ANKRD53-202ENST00000360589 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 CHRNA10-201ENST00000250699 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.06■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 ATPIF1-202ENST00000465645 1855 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 FAM76B-204ENST00000536839 2546 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 CREM-211ENST00000374726 1207 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 HNRNPA1P28-201ENST00000424481 961 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 OR7E14P-202ENST00000530490 1290 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AC132872.3-201ENST00000620937 629 ntTSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 CBWD2-204ENST00000433343 1411 ntTSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 KRT1-201ENST00000252244 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 FBXL20-205ENST00000583610 1739 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 HTD2-201ENST00000461393 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 PTGER2-201ENST00000245457 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AL356488.2-201ENST00000602755 427 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 OGFOD3-202ENST00000329197 1652 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 IRAK3-202ENST00000457197 1853 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 FASTK-202ENST00000353841 1402 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 GNB2-205ENST00000419828 1285 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 AC092910.1-201ENST00000482027 1129 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 DAP3-214ENST00000471642 1671 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CCDC87Q9NVE4 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.4 ms