Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 LRRC36-201ENST00000329956 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 DEF8-211ENST00000563795 1767 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
TRIM28Q13263 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 MRPL52-202ENST00000355151 1118 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 MRPL52-203ENST00000397496 1111 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 C2orf82-202ENST00000409230 663 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 SDCBP2-201ENST00000339987 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 DMWD-201ENST00000270223 3305 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC063977.6-201ENST00000600074 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 DHRSX-201ENST00000334651 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 CLDN14-203ENST00000399136 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 CD151-203ENST00000397421 1486 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 MYCNOS-201ENST00000419083 770 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ECSIT-207ENST00000588998 818 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 MUTYH-202ENST00000355498 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 PIANP-201ENST00000320591 2323 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 PSMD3-201ENST00000264639 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 HMGN1-203ENST00000380748 829 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 RAB24-204ENST00000393611 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 REXO2-206ENST00000539275 710 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 MORN1-203ENST00000378531 1798 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 FAM157B-201ENST00000446912 1795 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 HSD17B1-202ENST00000585807 4982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 STAP2-201ENST00000594605 1426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 OPRK1-202ENST00000520287 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ART5-201ENST00000359918 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 PHLDA3-202ENST00000367311 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ZNF281-202ENST00000367352 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 SDCBP2-204ENST00000381812 1550 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC007834.1-201ENST00000446473 728 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 FAM197Y8-203ENST00000450145 560 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 FGFR3P6-201ENST00000457012 610 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 PORCN-205ENST00000367574 1368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 PORCN-214ENST00000537758 1371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 NECTIN3-206ENST00000485303 3664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC093010.1-201ENST00000473625 1624 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 DMRT3-201ENST00000190165 2183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 TULP1-201ENST00000229771 2162 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 CMTM7-201ENST00000334983 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 SLC29A2-201ENST00000311161 2262 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 CTNS-203ENST00000399306 803 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 KRT18P67-201ENST00000432816 1264 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 HOXD8-203ENST00000450510 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 PENK-208ENST00000523051 772 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 ORAOV1-210ENST00000539414 817 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TRIM28Q13263 AC084125.4-201ENST00000580385 338 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
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