Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 FDXR-214ENST00000581530 1827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 STARD3-219ENST00000580611 1989 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 GPATCH3-201ENST00000361720 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 SHROOM1-202ENST00000378676 2352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 SUFU-201ENST00000369899 1839 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 TMEM219-201ENST00000279396 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AC007967.2-201ENST00000432613 625 ntBASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.57
COL4A3Q01955 AC112777.1-201ENST00000540175 1423 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 PSPC1-206ENST00000619300 2013 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ELOF1-201ENST00000252445 1019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 FAM3A-205ENST00000393572 1041 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 FAM57A-205ENST00000572018 373 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 BMS1P4-202ENST00000584747 1716 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 LINC01126-201ENST00000623515 1646 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 STYXL1-208ENST00000451157 1570 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 MYLKP1-201ENST00000509077 1580 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 NECTIN1-202ENST00000340882 1059 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 GGCT-205ENST00000409436 954 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 TRIB3-202ENST00000422053 1533 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ZNF259P1-201ENST00000407656 1365 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AC005082.1-201ENST00000413042 2259 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 CYP21A2-222ENST00000435122 1914 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 COBL-210ENST00000632460 1941 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 CST3-201ENST00000376925 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 YBX2P1-201ENST00000394192 760 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 SHBG-211ENST00000574539 938 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 PSMA6-216ENST00000627895 484 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 HEXDC-203ENST00000577944 1820 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ISCU-205ENST00000535729 1330 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 PEPD-203ENST00000436370 1638 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 SEMA3D-202ENST00000444867 1605 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 ZGLP1-201ENST00000403352 1028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
COL4A3Q01955 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.2 ms