Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 LGALS8-AS1-201ENST00000487567 1457 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 EDNRA-206ENST00000511804 1569 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 UAP1-204ENST00000367926 2294 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 OCIAD2-201ENST00000273860 636 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TSPO2-202ENST00000373161 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AL445472.1-201ENST00000452532 1007 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ARPIN-202ENST00000460685 2145 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TSPO2-203ENST00000470917 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 LINC00595-207ENST00000476909 792 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 EHMT1-211ENST00000482340 691 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 NDUFV2-207ENST00000497577 868 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CRNDE-210ENST00000560912 459 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 NAT14-202ENST00000587400 416 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC064834.1-201ENST00000606986 503 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 OCIAD2-210ENST00000620187 697 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 EGFL7-204ENST00000406555 1529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ADAP1-205ENST00000449296 2093 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CADPS2-201ENST00000313070 6065 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CDK11A-205ENST00000378633 2458 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 NR1H2-210ENST00000598168 1915 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TRA2A-212ENST00000621813 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PDE9A-213ENST00000398236 1776 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 SEMA3C-201ENST00000265361 5174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 HSPB8-201ENST00000281938 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 BRI3BP-201ENST00000341446 6648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CD55-206ENST00000391921 2433 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ETS1-208ENST00000535549 4594 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 MROH1-202ENST00000423230 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 WDSUB1-203ENST00000392796 1812 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC073592.3-201ENST00000625118 1834 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 GRB7-202ENST00000394204 1667 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 NDN-201ENST00000331837 1931 ntAPPRIS P1 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AZU1-201ENST00000233997 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 BOLA3-202ENST00000327428 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ROMO1-202ENST00000374072 350 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 KRT18P57-201ENST00000443599 1254 ntBASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AL162457.2-201ENST00000447909 937 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 RPL39L-203ENST00000455270 653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC008825.1-201ENST00000504398 452 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 MTHFS-202ENST00000559722 948 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PTGIR-204ENST00000596260 1009 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 NCF1B-201ENST00000423083 1516 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TTLL10-203ENST00000379290 2283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 RARRES1-201ENST00000237696 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ZNF385A-202ENST00000352268 2076 ntTSL 2 BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.22■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 C5orf30-203ENST00000515669 1573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 ATP10A-201ENST00000356865 6680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 RAB40C-203ENST00000535977 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 LIN28B-AS1-203ENST00000636682 1797 ntTSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 AKT1S1-207ENST00000391835 3075 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 HEXIM2-201ENST00000307275 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PLPP4-202ENST00000398250 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CT47A4-201ENST00000415858 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CT47A9-201ENST00000417256 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CT47A6-201ENST00000419194 1298 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CT47A10-201ENST00000430448 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CT47A5-201ENST00000439466 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CT47A3-201ENST00000441330 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CT47A8-201ENST00000457977 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 CT47A2-201ENST00000458218 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.21■□□□□ 0.19
SKA3Q8IX90 FOSL1-203ENST00000531493 1200 ntTSL 1 (best) BASIC16.21■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.7 ms