Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 HCK-206ENST00000518730 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 LINC01586-201ENST00000506090 1840 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 DMKN-206ENST00000418261 1257 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 AC023274.1-201ENST00000418278 595 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 LDLRAD2-203ENST00000543870 1180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ARHGDIA-208ENST00000581876 709 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ELMOD1-202ENST00000443271 1990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 NPR3-203ENST00000415167 1753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 AL035252.2-201ENST00000454676 3168 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 FAM9A-202ENST00000543214 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 SLC25A3-201ENST00000188376 1909 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 IRF7-207ENST00000525445 1588 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 SSSCA1-201ENST00000309328 698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 TRIM36-203ENST00000379618 693 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 AC008687.5-201ENST00000593746 558 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 KLC1-219ENST00000555836 2467 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 SEPT11-209ENST00000510515 1886 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 ZNF593-201ENST00000270812 698 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 FBF1-204ENST00000586631 621 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 CRYL1-202ENST00000382812 1581 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 SLC22A18-203ENST00000380574 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 MTCL1P1-201ENST00000446207 792 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 CPSF1-207ENST00000531727 704 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 NKAPP1-205ENST00000585790 367 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 RAB34-226ENST00000636772 1180 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 HOXC6-201ENST00000243108 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 NAPRT-203ENST00000435154 1877 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
COL6A1P12109 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.3 ms