Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 TEKT5-201ENST00000283025 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 NAF1-202ENST00000422287 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 ABI3-202ENST00000419580 1718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 PDCD10-201ENST00000392750 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 BIRC7-203ENST00000395306 593 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AL022314.1-201ENST00000414203 464 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 ZNF655-218ENST00000454654 571 ntTSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AC006538.3-201ENST00000612495 578 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 DMRT2-205ENST00000382255 2367 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AC023830.1-201ENST00000569678 1543 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 DHRS4L2-201ENST00000335125 1370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 IDS-202ENST00000370441 1399 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 TOP1MT-218ENST00000523676 1982 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 RPS19BP1-201ENST00000334678 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AC012615.3-201ENST00000592884 500 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 TCTA-201ENST00000273590 2146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 NUMBL-207ENST00000598779 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 SEPT2-203ENST00000391971 3315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 ZNF12-201ENST00000342651 2921 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 EXO5-202ENST00000358527 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 IRF8-202ENST00000562492 946 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AL049840.3-201ENST00000602669 611 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 ABBA01031661.1-201ENST00000634362 1253 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 SPNS1-201ENST00000311008 2208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 LUC7L-221ENST00000629543 1520 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 CXorf58-201ENST00000379211 1752 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 GCOM1-202ENST00000380569 1846 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 GULP1-206ENST00000409830 1376 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 PPA2-202ENST00000348706 1414 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AC125634.1-201ENST00000438758 1403 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 TMEM177-204ENST00000424086 1738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 C19orf25-203ENST00000585675 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 NDUFB2-209ENST00000472695 503 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AC009533.2-201ENST00000543664 586 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 BABAM1-206ENST00000595632 966 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 ZNF768-202ENST00000562803 1999 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 TMEM25-225ENST00000533102 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
HOXC9P31274 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
HOXC9P31274 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms