Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 EPB41L2-211ENST00000525271 2568 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 UXT-201ENST00000333119 574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TMEM240-201ENST00000378733 718 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ICAM4-202ENST00000380770 1211 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 TRPT1-203ENST00000394547 865 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AC097662.2-201ENST00000641359 267 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 SRI-203ENST00000419179 1307 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PCCB-208ENST00000468777 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 LRRC23-207ENST00000433346 1387 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 RPS6KB1-204ENST00000443572 1913 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AC127496.1-202ENST00000573602 2091 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 ARNTL2-208ENST00000544915 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
CCDC54Q8NEL0 SLC12A5-201ENST00000243964 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 EMX2-203ENST00000553456 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 TULP1-208ENST00000614066 2084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 GPR75-201ENST00000394705 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 LINC01122-201ENST00000422723 675 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 MCCD1P1-208ENST00000445732 328 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 CNOT8-224ENST00000523698 862 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 ENDOV-225ENST00000522751 1475 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 RCAN3-205ENST00000436717 2574 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 PKD1P5-201ENST00000532415 10291 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 PSTK-201ENST00000368887 1705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 LONP1-215ENST00000593119 2918 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 KRCC1-201ENST00000347055 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SEC61A2-201ENST00000298428 1893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SPNS1-204ENST00000352260 1948 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 STX11-201ENST00000367568 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 NOC2LP2-201ENST00000407594 1944 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 C19orf25-207ENST00000588871 2128 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 WWOX-214ENST00000566780 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 GFOD1-203ENST00000379287 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AC003982.1-201ENST00000477404 484 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AC116562.2-201ENST00000507042 360 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AC011446.2-202ENST00000592882 756 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AVL9-209ENST00000640103 1367 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 RTN4-207ENST00000402434 1456 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 FAM118A-202ENST00000405673 1612 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AC034236.2-201ENST00000606662 1610 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 NPEPL1-204ENST00000525967 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AC008556.1-201ENST00000610908 2040 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 PPM1E-201ENST00000308249 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 ULK3-220ENST00000569437 2611 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 MAGI1-213ENST00000483466 4791 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 DDHD1-202ENST00000357758 5603 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 GTF2IRD2-207ENST00000625377 1910 ntTSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 FDXR-203ENST00000420580 1705 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 IMMP2L-202ENST00000405709 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 C14orf180-201ENST00000331952 1455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 OARD1-202ENST00000424266 1337 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC16.06■□□□□ 0.16
CCDC54Q8NEL0 AC091153.3-201ENST00000497885 472 ntTSL 2 BASIC16.06■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms