Protein–RNA interactions for Protein: P08121

Col3a1, Collagen alpha-1(III) chain, mousemouse

Predictions only

Length 1,464 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col3a1P08121 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Clptm1l-201ENSMUST00000022102 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Kctd2-201ENSMUST00000103035 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Gm13594-201ENSMUST00000137582 476 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Aldoa-214ENSMUST00000207534 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 A830092H15Rik-201ENSMUST00000099182 1229 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Cadm1-206ENSMUST00000143026 1643 ntTSL 5 BASIC27.85■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Vegfa-211ENSMUST00000167860 975 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Vegfa-212ENSMUST00000214739 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Vegfa-213ENSMUST00000217017 1179 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Tmem170b-202ENSMUST00000221694 602 ntTSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Ube2k-203ENSMUST00000201266 1449 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Col3a1P08121 Trnau1ap-203ENSMUST00000105962 961 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
Col3a1P08121 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
Col3a1P08121 Slc35a2-211ENSMUST00000208640 486 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
Col3a1P08121 Gm7276-201ENSMUST00000097520 1252 ntAPPRIS P1 BASIC27.8■■■□□ 2.04
Col3a1P08121 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Col3a1P08121 Rcor2-201ENSMUST00000066646 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Col3a1P08121 Nudt3-203ENSMUST00000114886 996 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
Col3a1P08121 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Col3a1P08121 Gm20109-201ENSMUST00000180802 671 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Col3a1P08121 Cyp2r1-202ENSMUST00000119712 917 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
Col3a1P08121 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Col3a1P08121 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Col3a1P08121 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Col3a1P08121 Ildr2-202ENSMUST00000192426 1238 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
Col3a1P08121 Ddrgk1-201ENSMUST00000089559 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
Col3a1P08121 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Col3a1P08121 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Col3a1P08121 Kcnk2-205ENSMUST00000192723 1642 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Col3a1P08121 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
Col3a1P08121 Gm21989-201ENSMUST00000174530 1609 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Col3a1P08121 Gm44428-201ENSMUST00000204474 874 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
Col3a1P08121 Zfp422-201ENSMUST00000057540 2375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Col3a1P08121 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
Col3a1P08121 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col3a1P08121 Galr3-201ENSMUST00000058004 1245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Col3a1P08121 Ppp1r35-201ENSMUST00000031739 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Col3a1P08121 Hecw2-202ENSMUST00000097741 1132 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Col3a1P08121 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Col3a1P08121 Oaz2-206ENSMUST00000153700 1843 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
Col3a1P08121 Emc8-208ENSMUST00000181950 747 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Hoxd9-201ENSMUST00000059272 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Tmem70-203ENSMUST00000177501 1636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Igfbp3-202ENSMUST00000135887 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Sike1-202ENSMUST00000119450 774 ntTSL 3 BASIC27.69■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Tmpo-203ENSMUST00000092219 1854 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Cadm1-209ENSMUST00000152459 1784 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Bloc1s2-201ENSMUST00000079033 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Ccna1-202ENSMUST00000197238 1719 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 D17Wsu92e-201ENSMUST00000075076 1470 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Mapkap1-202ENSMUST00000113124 1758 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Sox3-201ENSMUST00000135107 2065 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Hpf1-204ENSMUST00000146863 531 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Lsm4-205ENSMUST00000210987 636 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Gng12-204ENSMUST00000114225 1876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Hnrnpul1-202ENSMUST00000108401 1240 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Gm20208-202ENSMUST00000219905 1528 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Htatsf1-202ENSMUST00000114751 1128 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Col3a1P08121 Hist2h3c1-201ENSMUST00000176059 1820 ntAPPRIS P1 BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Hist2h3c1-202ENSMUST00000177796 1825 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Pdpk1-203ENSMUST00000115407 1730 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Adra1d-201ENSMUST00000103184 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Btf3l4-203ENSMUST00000102741 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Cys1-207ENSMUST00000186602 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Tmem106c-201ENSMUST00000064200 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Vmac-201ENSMUST00000067931 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Fam92a-208ENSMUST00000177837 1325 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Kif1c-205ENSMUST00000152618 1943 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Col3a1P08121 Asf1a-201ENSMUST00000020004 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
Col3a1P08121 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Col3a1P08121 Lin7b-201ENSMUST00000003971 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Col3a1P08121 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC27.56■■■□□ 2
Col3a1P08121 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.4 ms