Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ANKRD29-202ENST00000585908 846 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 KRT8P7-201ENST00000533003 1432 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PACRGL-203ENST00000444671 1720 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PRKRA-203ENST00000432031 1344 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PMEPA1-204ENST00000395814 800 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 TSPY22P-201ENST00000427496 604 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 C14orf144-201ENST00000553757 537 ntTSL 4 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 IL11-204ENST00000590625 1028 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AC008567.3-202ENST00000619671 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 BEAN1-211ENST00000622872 1171 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 SCD5-201ENST00000273908 1995 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 BST1-201ENST00000265016 1480 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AP5S1-202ENST00000379567 1791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ARID3C-201ENST00000378909 1411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 DHRS4-203ENST00000397075 727 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 RPS14-203ENST00000407193 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AC069368.1-202ENST00000437723 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ELP6-205ENST00000439305 880 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ZNF706-206ENST00000519744 785 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AC104390.1-201ENST00000555663 520 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 AC010240.3-201ENST00000607688 395 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 NOL12-207ENST00000611699 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 DHRS4L2-211ENST00000621761 1049 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC3Q9BQI4 ISYNA1-206ENST00000578963 1691 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CCK-202ENST00000396169 1527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 SEMA3B-202ENST00000418576 1765 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AC044802.1-201ENST00000501143 2894 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 SHBG-201ENST00000340624 1311 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 KRT18P1-202ENST00000452408 1331 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CFAP100-203ENST00000505024 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 HOXB1-202ENST00000577092 1414 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 PGAM1-201ENST00000334828 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 KRTCAP3-202ENST00000407293 942 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 MCFD2-203ENST00000409147 671 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ACP6-203ENST00000487562 1258 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 LINC02237-202ENST00000521904 477 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AC111152.3-201ENST00000569699 673 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AP000547.2-201ENST00000609641 661 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 MYOG-201ENST00000241651 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 APBB1IP-201ENST00000356785 1513 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ZFYVE21-202ENST00000311141 1383 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 UHRF1-203ENST00000615884 2651 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 LRRC23-201ENST00000007969 1615 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 SRSF1-208ENST00000584773 1317 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 AP5S1-203ENST00000379573 1848 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 HTRA4-201ENST00000302495 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 MATN4-201ENST00000353917 1657 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 SPSB3-201ENST00000301717 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 SGO1-209ENST00000442720 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 TMPRSS5-209ENST00000544634 1524 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 CGB7-201ENST00000377280 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 ISG15-201ENST00000379389 711 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 PDZD3-203ENST00000525131 1882 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC3Q9BQI4 C6orf132-201ENST00000341865 6210 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.2 ms