Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CBX6-202ENST00000407418 6122 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 DUS1L-202ENST00000354321 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 FN3KRP-201ENST00000269373 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 C8orf58-207ENST00000615223 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SLC35B2-207ENST00000619636 2063 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 UVSSA-207ENST00000511216 2927 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 HSD17B12-201ENST00000278353 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 MYO1B-202ENST00000339514 5026 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 IFFO1-212ENST00000619571 2724 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PIN1-201ENST00000247970 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 UBE2F-203ENST00000409633 837 ntTSL 3 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AC008771.1-201ENST00000508000 1151 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AF186192.3-201ENST00000583427 947 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CR392000.1-201ENST00000624770 1228 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 NAA50-201ENST00000240922 6135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 RABL2B-205ENST00000395595 2428 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 TSC2-222ENST00000568454 5434 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AR-207ENST00000612010 3896 ntTSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 NEO1-201ENST00000261908 7088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 NARFL-201ENST00000251588 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 RIN1-205ENST00000530056 2122 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 LURAP1-201ENST00000371980 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 APBB1-210ENST00000530885 1626 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PRSS50-202ENST00000315170 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AC011416.4-201ENST00000639283 2195 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SLC25A29-215ENST00000556505 1540 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ANKRD54-204ENST00000411961 946 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CCK-203ENST00000434608 747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 STAC3-202ENST00000546246 1014 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 BMP3-201ENST00000282701 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CDH23-205ENST00000398809 4533 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CDHR1-201ENST00000332904 2694 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 MAP7-209ENST00000618822 4497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 MCCC1-214ENST00000610757 2410 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AC005332.8-201ENST00000622750 2735 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 STRADB-202ENST00000392249 2190 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PAQR6-201ENST00000292291 1908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SGSM2-201ENST00000268989 4863 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ANXA3-201ENST00000264908 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 DAB2IP-205ENST00000408936 6784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 AC126763.1-201ENST00000552015 2118 ntBASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ASB7-203ENST00000558747 2133 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 SLC47A2-201ENST00000325411 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 HOXC11-201ENST00000243082 2039 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 ASZ1-201ENST00000284629 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 RXFP4-201ENST00000368318 1240 ntAPPRIS P1 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 LANCL3-201ENST00000378619 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 PACSIN2-203ENST00000402229 1883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 RAMP1-204ENST00000409726 734 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
CCDC54Q8NEL0 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms