Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 GOLGA6L3-201ENST00000507199 1679 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 UBE2Q2-208ENST00000569423 2969 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 DGKI-203ENST00000446122 4070 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 NADK-201ENST00000341426 3235 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 ZNF668-202ENST00000394983 2717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 TMEM109-201ENST00000227525 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 C16orf59-210ENST00000569496 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 MRGPRE-201ENST00000389832 1409 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 AAED1-201ENST00000375234 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 SLC25A15-201ENST00000338625 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 ZAR1L-202ENST00000533490 1564 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 NBPF11-205ENST00000615281 5494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 SARDH-201ENST00000298628 1484 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 ULK3-217ENST00000568667 1470 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 SAPCD2P4-201ENST00000424595 1171 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 LINC01293-201ENST00000453951 1266 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 MRPL36-202ENST00000505059 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 CPEB2-207ENST00000507071 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 AC016065.1-203ENST00000523225 1017 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 MYEOV-201ENST00000308946 2287 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 CLDND1-203ENST00000394181 2170 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 ART5-203ENST00000397068 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 KRT18P22-201ENST00000402024 1347 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 COPS7A-215ENST00000543155 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 AMACR-206ENST00000502637 1598 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 AC011944.1-201ENST00000316148 1900 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 DMKN-207ENST00000419602 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 GAS2L1P2-202ENST00000442849 2262 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 SLC5A10-203ENST00000395645 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 CHCHD3-203ENST00000448878 1038 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 EEF2KMT-206ENST00000587133 873 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 TP53I3-202ENST00000335934 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 ASCC2-202ENST00000397771 2823 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 ZBTB10-205ENST00000610895 2833 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 PABPC1L-204ENST00000255136 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 TREX2-203ENST00000338525 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 SIGLEC10-204ENST00000436984 1776 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 CDC42EP2-201ENST00000279249 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 AC005906.2-207ENST00000639005 1580 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 SHISA6-202ENST00000409168 7262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 AC009113.1-201ENST00000570267 2443 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 KRT8-216ENST00000552551 2126 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
PDLIM3Q53GG5 RRAS-201ENST00000246792 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.8 ms