Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 SCRN1-203ENST00000409570 535 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 PIGQ-209ENST00000470411 2112 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 NFKBIZ-201ENST00000326151 2058 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 KCNK7-204ENST00000394217 1372 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 PSMD11-202ENST00000457654 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 STX5-202ENST00000377897 1785 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AL024508.2-201ENST00000607749 1894 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 SATB1-AS1-201ENST00000414198 737 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 HOXC4-201ENST00000303406 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 TMEM106C-202ENST00000429772 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 CLN3-204ENST00000357857 1720 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 PUF60-202ENST00000349157 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 DALRD3-201ENST00000313778 1968 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 BLACE-201ENST00000378120 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 FADS2-209ENST00000521849 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 LEFTY2-202ENST00000420304 2085 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 PARS2-201ENST00000371279 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 ZNF771-201ENST00000319296 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 GPR31-201ENST00000366834 2059 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 PSRC1-202ENST00000369904 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 CLN3-206ENST00000360019 1840 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 NDOR1-204ENST00000458322 1829 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 PRR29-203ENST00000425164 1266 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 NSUN5P1-208ENST00000473960 500 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AC034213.1-201ENST00000507681 806 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AL355385.1-201ENST00000606123 409 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 IQSEC2-210ENST00000639161 936 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 EEF1A1-203ENST00000331523 1923 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 DIO3OS-212ENST00000557661 1937 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 FZR1-202ENST00000395095 1491 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SHANK3Q9BYB0 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHANK3Q9BYB0 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHANK3Q9BYB0 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
SHANK3Q9BYB0 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHANK3Q9BYB0 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
SHANK3Q9BYB0 P2RY6-201ENST00000349767 1700 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.3 ms