Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 RTBDN-213ENST00000592204 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 AC006001.3-204ENST00000638711 2103 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 SORBS3-221ENST00000523965 2028 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 COL4A3BP-201ENST00000261415 2262 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 PRSS27-201ENST00000302641 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 HNRNPDP1-201ENST00000439535 754 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 PGAM5P1-201ENST00000518923 814 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 AC064862.7-201ENST00000604520 867 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 UPP1-201ENST00000331803 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL18A1P39060 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 YWHAZ-204ENST00000395953 994 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AC093585.1-201ENST00000425183 428 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AC243547.2-201ENST00000616257 234 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 CEP85L-205ENST00000419517 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 COX18-204ENST00000507544 1086 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 MCCC2-205ENST00000509358 1214 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 IGHV3-22-201ENST00000520721 359 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 CIRBP-235ENST00000591935 746 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 ANO2-212ENST00000612575 1087 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 CAPZB-202ENST00000264203 2068 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 PLSCR3-212ENST00000576201 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 CORO6-212ENST00000584969 1416 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 TMEM44-203ENST00000381975 2197 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 BTG3-201ENST00000339775 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 ARHGEF2-204ENST00000368315 1645 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 CASTOR1-202ENST00000407689 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 GUCA1A-201ENST00000053469 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 DUT-202ENST00000455976 1935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 CNOT8-225ENST00000524105 904 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AP002770.1-201ENST00000540547 428 ntTSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 CMC2-212ENST00000565650 671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AC008393.1-201ENST00000499601 1454 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 UROS-202ENST00000368778 1556 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 SNX19-209ENST00000530356 1562 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 THOC3-208ENST00000513482 1796 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 FOXD4-201ENST00000382500 1974 ntAPPRIS P1 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 OCSTAMP-201ENST00000279028 2043 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 POLI-202ENST00000406285 2030 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 METTL21A-205ENST00000426075 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AC073648.2-201ENST00000510116 352 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 GZMM-202ENST00000592501 941 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 TEX264-215ENST00000611400 1488 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 ANKRD20A8P-203ENST00000641373 517 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 RAD51-203ENST00000423169 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 PVR-204ENST00000406449 1344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 ROMO1-205ENST00000397416 288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 KDM8-202ENST00000441782 1612 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
COL18A1P39060 POLD4-205ENST00000529704 1486 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms