Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AL161669.4-201ENST00000634353 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 IL4I1-202ENST00000391826 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AL357033.4-201ENST00000617703 1807 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 PHLDB3-201ENST00000292140 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 NDUFB9-201ENST00000276689 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ZNHIT1-201ENST00000305105 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 PSMB8-202ENST00000374882 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 FOXP3-205ENST00000518685 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 REEP1-209ENST00000541910 969 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 THOP1-202ENST00000395212 1877 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 TRIP4-201ENST00000261884 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ACD-214ENST00000620338 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AC099518.3-201ENST00000564808 809 ntAPPRIS P5 TSL 4 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 INTS11-249ENST00000618806 1523 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 FEM1AP3-201ENST00000403722 1741 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 FDXR-202ENST00000413947 1809 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 IRGC-201ENST00000244314 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ATP6V1G2-205ENST00000303892 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 SERPINB6-207ENST00000612421 1570 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 WFDC1-203ENST00000568638 1319 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 MCRIP2-201ENST00000307650 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ASGR1-202ENST00000380920 944 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 LINC01711-201ENST00000598340 967 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AC008608.2-201ENST00000606089 416 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 SLC3A2-202ENST00000377889 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 CELF2-217ENST00000638035 1849 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 SYT17-207ENST00000568115 1721 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 PRSS33-201ENST00000293851 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 SCAND1-203ENST00000615116 1371 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ATPAF2-213ENST00000585101 566 ntTSL 4 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AP2M1-201ENST00000292807 1931 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 IDH3G-201ENST00000217901 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 EEF1AKMT2-201ENST00000368836 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 P2RY6-203ENST00000393591 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 CCS-201ENST00000310190 942 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 RNPS1-222ENST00000567147 830 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AC064807.1-202ENST00000423716 936 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 C1orf109-203ENST00000464085 919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 RAD52-211ENST00000536177 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 AC011511.2-201ENST00000592893 918 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.55
COL18A1P39060 INTS11-250ENST00000620829 1862 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 RNF135-201ENST00000324689 1905 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
COL18A1P39060 TLE1-202ENST00000376484 666 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35 ms