RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000438120.5

PTPRF-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRF, Length 6,377 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-209ENST00000438120 ARVCFO00192 962 aa16.85■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 ECI2O75521 394 aa16.85■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 CLDN7O95471 211 aa16.85■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 CBX5P45973 191 aa16.85■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 KHKP50053 298 aa16.85■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 PLET1Q6UQ28 207 aa16.85■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 ZZZ3Q8IYH5 903 aa16.85■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 NODALQ96S42 347 aa16.85■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 PCBD2Q9H0N5 130 aa16.85■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 CNTN3Q9P232 1028 aa16.85■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 HS3ST4Q9Y661 456 aa16.85■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 CLEC12AQ5QGZ9 265 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 AKAP14Q86UN6 197 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 LAPTM4BQ86VI4 370 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 OR6K6Q8NGW6 343 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 ZBED6CLQ96FA7 236 aaPredicted RBP16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 PHF12Q96QT6 1004 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 KIF1AQ12756 1690 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 AIREO43918 545 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 TULP3O75386 442 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 ADH5P11766 374 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 HERVK_113P63132 956 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 DCAF12L1Q5VU92 463 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF280BQ86YH2 543 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 REM2Q8IYK8 340 aaPredicted RBP16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 TSTD1Q8NFU3 115 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 SLC22A17Q8WUG5 538 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 RASSF5Q8WWW0 418 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 ERVK-6Q9BXR3 956 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 CHMP1AQ9HD42 196 aaPredicted RBP16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 AMBNQ9NP70 447 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 POLE3Q9NRF9 147 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 WNT6Q9Y6F9 365 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 A8MU76 341 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 PRMT3O60678 531 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 OPN1SWP03999 348 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 ALPPP05187 535 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 FSHRP23945 695 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 PRDX6P30041 224 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 PUDPQ08623 228 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 TSC22D1Q15714 1073 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 ARMCX6Q7L4S7 300 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 EFHD2Q96C19 240 aaPredicted RBP16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 TFB2MQ9H5Q4 396 aaKnown RBP16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 FAM124BQ9H5Z6 455 aaPredicted RBP16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 C11orf49Q9H6J7 331 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 CALML5Q9NZT1 146 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 HAS3O00219 553 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 DHFRP00374 187 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 FMO3P31513 532 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 CCKBRP32239 447 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 TOR1AIP1Q5JTV8 583 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 DRICH1Q6PGQ1 229 aaPredicted RBP16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 BORCS5Q969J3 196 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 TXNRD2Q9NNW7 524 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 SSU72Q9NP77 194 aaKnown RBP16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 SLIT3O75094 1523 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 ZNF879B4DU55 563 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 SNX4O95219 450 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 GGT5P36269 586 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 PRKD1Q15139 912 aaPredicted RBP16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 SMU1Q2TAY7 513 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 ZCCHC12Q6PEW1 402 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 ZDHHC24Q6UX98 284 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 NAT8LQ8N9F0 302 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 TRPV1Q8NER1 839 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 POMPQ9Y244 141 aa16.84■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 LDB2O43679 373 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 UBXN7O94888 489 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 SCARB2Q14108 478 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 GPR68Q15743 365 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 EGFLAMQ63HQ2 1017 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 TPGS2Q68CL5 300 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 PRR23BQ6ZRT6 265 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 SLC22A15Q8IZD6 547 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 CMTM8Q8IZV2 173 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 NUSAP1Q9BXS6 441 aaKnown RBP16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 OSBPL2Q9H1P3 480 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 ELAC1Q9H777 363 aaKnown RBP16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 SLC22A14Q9Y267 594 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 COQ4Q9Y3A0 265 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 HOXB6P17509 224 aaKnown RBP16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 CLCNKAP51800 687 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 RPS6KA3P51812 740 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 TXNL4AP83876 142 aaKnown RBP16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 RFTN1Q14699 578 aaPredicted RBP16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 P2RY8Q86VZ1 359 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 PHC3Q8NDX5 983 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 CDKN2AIPNLQ96HQ2 116 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 GFM1Q96RP9 751 aaKnown RBP16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 TMEM109Q9BVC6 243 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 EBF3Q9H4W6 596 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 HCN3Q9P1Z3 774 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 HEBP2Q9Y5Z4 205 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 PLIN4Q96Q06 1357 aa16.83■□□□□ 0.29
PTPRF-209ENST00000438120 TOR1BO14657 336 aa16.83■□□□□ 0.28
PTPRF-209ENST00000438120 NDUFS4O43181 175 aa16.83■□□□□ 0.28
PTPRF-209ENST00000438120 MTRF1O75570 445 aaKnown RBP16.83■□□□□ 0.28
PTPRF-209ENST00000438120 PDHA2P29803 388 aa16.83■□□□□ 0.28
PTPRF-209ENST00000438120 RAB25P57735 213 aa16.83■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 36.5 ms