RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568232.1

CLK3-222, Transcript of CDC like kinase 3, human

Gene CLK3, Length 958 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK3-222	ENST00000568232	SOCS6	O14544	535 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	AURKA	O14965	403 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	MATN3	O15232	486 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	GPR39	O43194	453 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	KCNJ13	O60928	360 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	CLDN14	O95500	239 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	CSNK1G2	P78368	415 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	PRKAA1	Q13131	559 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	DEFB110	Q30KQ9	67 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	IRAK1BP1	Q5VVH5	260 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	METRNL	Q641Q3	311 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	TXNRD3NB	Q6F5E7	133 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	RHBDD2	Q6NTF9	364 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	TMEM220	Q6QAJ8	160 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	PACS2	Q86VP3	889 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	GPR135	Q8IZ08	494 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	BEND7	Q8N7W2	519 aa	Predicted RBP	11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	ADAMTS18	Q8TE60	1221 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	NAT14	Q8WUY8	206 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	TTC25	Q96NG3	672 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	VPS35	Q96QK1	796 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	SPOCK3	Q9BQ16	436 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	MESP1	Q9BRJ9	268 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	TMEM121	Q9BTD3	319 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	NDC1	Q9BTX1	674 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	CLSTN2	Q9H4D0	955 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	DEF6	Q9H4E7	631 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	FAM60A	Q9NP50	221 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	SLC22A11	Q9NSA0	550 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	STAU2	Q9NUL3	570 aa	Known RBP eCLIP	11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	PARVA	Q9NVD7	372 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	TAB2	Q9NYJ8	693 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	NFKBIL1	Q9UBC1	381 aa	Predicted RBP	11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	FAM8A1	Q9UBU6	413 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	SEC14L3	Q9UDX4	400 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	CDC23	Q9UJX2	597 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF711	Q9Y462	761 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	CCDC88C	Q9P219	2028 aa		11.36	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	BTN3A3	O00478	584 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	MFSD11	O43934	449 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	OR2B3	O76000	313 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	F10	P00742	488 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	RARA	P10276	462 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	ESRRA	P11474	423 aa	Predicted RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	MMP11	P24347	488 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	SERPINB6	P35237	376 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	MFAP5	Q13361	173 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	BECN1	Q14457	450 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	C3AR1	Q16581	482 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	NKAIN1	Q4KMZ8	207 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	FAAH2	Q6GMR7	532 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	KIRREL2	Q6UWL6	708 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	ISLR2	Q6UXK2	745 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	MEX3B	Q6ZN04	569 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	CPLX3	Q8WVH0	158 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	NANOS1	Q8WY41	292 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	NRGN	Q92686	78 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	AP1M1	Q9BXS5	423 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	ADGRE3	Q9BY15	652 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	PITPNM3	Q9BZ71	974 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	GPR63	Q9BZJ6	419 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	ENKD1	Q9H0I2	346 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	SRMS	Q9H3Y6	488 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	PCDH18	Q9HCL0	1135 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	RAD18	Q9NS91	495 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	SAMSN1	Q9NSI8	373 aa	Known RBP	11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	TINAG	Q9UJW2	476 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	HS3ST3B1	Q9Y662	390 aa		11.35	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	BTN3A1	O00481	513 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	UGT1A9	O60656	530 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	GADD45B	O75293	160 aa	Predicted RBP	11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	CD63	P08962	238 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	UGT1A6	P19224	532 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	AGA	P20933	346 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	UGT1A1	P22309	533 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	UGT1A4	P22310	534 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	SMS	P52788	366 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	ARG2	P78540	354 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	TMPRSS15	P98073	1019 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	GALNT2	Q10471	571 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	SHISA6	Q6ZSJ9	500 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF655	Q8N720	491 aa	Predicted RBP	11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	BRSK1	Q8TDC3	778 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	ZFPM2	Q8WW38	1151 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	N4BP2L2	Q92802	583 aa	Predicted RBP	11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	TRIB3	Q96RU7	358 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	LMF1	Q96S06	567 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	UGT1A7	Q9HAW7	530 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	UGT1A10	Q9HAW8	530 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	UGT1A8	Q9HAW9	530 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	MAGEE1	Q9HCI5	957 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	SPO11	Q9Y5K1	396 aa		11.34	□□□□□ -0.59
CLK3-222	ENST00000568232	SLC19A2	O60779	497 aa		11.33	□□□□□ -0.6
CLK3-222	ENST00000568232	MT-CYB	P00156	380 aa	Predicted RBP	11.33	□□□□□ -0.6
CLK3-222	ENST00000568232	POLB	P06746	335 aa		11.33	□□□□□ -0.6
CLK3-222	ENST00000568232	CD48	P09326	243 aa		11.33	□□□□□ -0.6
CLK3-222	ENST00000568232	KLK2	P20151	261 aa		11.33	□□□□□ -0.6
CLK3-222	ENST00000568232	CCNC	P24863	283 aa		11.33	□□□□□ -0.6
CLK3-222	ENST00000568232	ANP32A	P39687	249 aa	Known RBP	11.33	□□□□□ -0.6
CLK3-222	ENST00000568232	GABRA4	P48169	554 aa		11.33	□□□□□ -0.6

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