RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000409945.1

USP40-202, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene USP40, Length 1,946 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-202ENST00000409945 STX17P56962 302 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 STARD6P59095 220 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 INCA1Q0VD86 236 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 BMPR2Q13873 1038 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 ZNF268Q14587 947 aaPredicted RBP6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 PDGFRLQ15198 375 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 LCE3BQ5TA77 95 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 SASS6Q6UVJ0 657 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 RINLQ6ZS11 566 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 TPRG1Q6ZUI0 275 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 ZC3H3Q8IXZ2 948 aaKnown RBP6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 Q8N1X5 172 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 GOLGA1Q92805 767 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 TRMT61AQ96FX7 289 aaKnown RBP6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 PKMYT1Q99640 499 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 CHODLQ9H9P2 273 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 G6PC2Q9NQR9 355 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 TLR8Q9NR97 1041 aaKnown RBP6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 SERTAD4Q9NUC0 356 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 FOXJ2Q9P0K8 574 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 C19orf53Q9UNZ5 99 aaPredicted RBP6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 TECTAO75443 2155 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 A8MVJ9 347 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 PES1O00541 588 aaKnown RBP6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 CAVIN2O95810 425 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 HMGA1P17096 107 aaKnown RBP6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 ADORA2BP29275 332 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 SERPINA4P29622 427 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 GSTM5P46439 218 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 FOXL2P58012 376 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 FCHO2Q0JRZ9 810 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 SEMA3BQ13214 749 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 GAB1Q13480 694 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 CUL2Q13617 745 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 RPS6KA2Q15349 733 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 ITPRIPL2Q3MIP1 535 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 AWAT1Q58HT5 328 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 ATPAF1Q5TC12 328 aaPredicted RBP6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 SDHAF4Q5VUM1 108 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 SPOPLQ6IQ16 392 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 TTI2Q6NXR4 508 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 VITQ6UXI7 678 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 RAB11FIP2Q7L804 512 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 RALGPS2Q86X27 583 aaPredicted RBP6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 ARHGAP18Q8N392 663 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 DDX51Q8N8A6 666 aaKnown RBP eCLIP6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 SLC2A14Q8TDB8 520 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 ACTRT2Q8TDY3 377 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 ATP2A3Q93084 1043 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 SLC35C1Q96A29 364 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 HNRNPABQ99729 332 aaKnown RBP6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 FUCA2Q9BTY2 467 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 DPEP3Q9H4B8 488 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 CISHQ9NSE2 258 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 FAM49BQ9NUQ9 324 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 COQ4Q9Y3A0 265 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 PIAS3Q9Y6X2 628 aa6.5□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 TRIOO75962 3097 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 MOSPD3O75425 235 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 URI1O94763 535 aaPredicted RBP6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 NFATC1O95644 943 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 TK1P04183 234 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 RALAP11233 206 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 CD19P15391 556 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 FCARP24071 287 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 GALNSP34059 522 aa6.49□□□□□ -1.37
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USP40-202ENST00000409945 MAP3K7CLP57077 242 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 RPL15P61313 204 aaKnown RBP6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 TAF10Q12962 218 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 DNASE1L3Q13609 305 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 SMAD1Q15797 465 aaKnown RBP6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 C1orf220Q5T0J3 134 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 HECTD3Q5T447 861 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 TXNDC8Q6A555 127 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 GBP6Q6ZN66 633 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 MMS22LQ6ZRQ5 1243 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 RBM43Q6ZSC3 357 aaKnown RBP6.49□□□□□ -1.37
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USP40-202ENST00000409945 ESX1Q8N693 406 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 CEP70Q8NHQ1 597 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 FAM3CQ92520 227 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 RSC1A1Q92681 617 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 ATOH1Q92858 354 aaPredicted RBP6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 JAKMIP2Q96AA8 810 aa6.49□□□□□ -1.37
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USP40-202ENST00000409945 ELOVL1Q9BW60 279 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 NAT10Q9H0A0 1025 aaKnown RBP6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 THAP9Q9H5L6 903 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 PLEKHA2Q9HB19 425 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 HEBP1Q9NRV9 189 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 TBC1D14Q9P2M4 693 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 MGAT4CQ9UBM8 478 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 LSM7Q9UK45 103 aaKnown RBP6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 ZDBF2Q9HCK1 2354 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 DOCK6Q96HP0 2047 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 NCANO14594 1321 aa6.49□□□□□ -1.37
USP40-202ENST00000409945 MYH10P35580 1976 aa6.49□□□□□ -1.37
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