RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 EML1O00423 815 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 COL6A2P12110 1019 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SLC7A1P30825 629 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CRYBB1P53674 252 aaPredicted RBP9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 E2F2Q14209 437 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 TARBP2Q15633 366 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SLITRK4Q8IW52 837 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 PNLDC1Q8NA58 520 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 MFSD14AQ96MC6 490 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 NOL11Q9H8H0 719 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CFAP97Q9P2B7 532 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 COMMD3-BMI1R4GMX3 469 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 DBIP07108 87 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 PITPNAQ00169 270 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SLC34A3Q8N130 599 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ADCY4Q8NFM4 1077 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 FCGR1BQ92637 280 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 PRDM12Q9H4Q4 367 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 DHX15O43143 795 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 FOLH1Q04609 750 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 HSDL2Q6YN16 418 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SETD6Q8TBK2 473 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 FAM124BQ9H5Z6 455 aaPredicted RBP9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 TDRD6O60522 2096 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 OR7A10O76100 309 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 C1RP00736 705 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 RTP1P59025 263 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 MAXP61244 160 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 FAM13CQ8NE31 585 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 DUS2Q9NX74 493 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 LAMP2P13473 410 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 PRDX6P30041 224 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CRISP3P54108 245 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 NAE1Q13564 534 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 GTF2H2Q13888 395 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 GTF2H2CQ6P1K8 395 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 VSTM1Q6UX27 236 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ADGRG6Q86SQ4 1221 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 LAPTM4BQ86VI4 370 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SLC43A3Q8NBI5 491 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ROPN1LQ96C74 230 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 OSER1Q9NX31 292 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 MAP4K5Q9Y4K4 846 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CCR8P51685 355 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CLCN7P51798 805 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SLC35C1Q96A29 364 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 PHF12Q96QT6 1004 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ZNF347Q96SE7 839 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 STOX2Q9P2F5 926 aaPredicted RBP9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 PLLPQ9Y342 182 aa9.24□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 PGRP06401 933 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 TAF10Q12962 218 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 C16orf46Q6P387 395 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 PAMR1Q6UXH9 720 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 AHSA2Q719I0 299 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 TMEM17Q86X19 198 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 MED13LQ71F56 2210 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 RNASEH2AO75792 299 aaKnown RBP9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 HECTD2Q5U5R9 776 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 STRADAQ7RTN6 431 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 GHDCQ8N2G8 530 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ATP6V1C2Q8NEY4 427 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 PSKH2Q96QS6 385 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 PDP1Q9P0J1 537 aaPredicted RBP9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 A0A0J9YVX5 310 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 FAM172BPA6NC97 362 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CCL16O15467 120 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 NOL4O94818 638 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 BPGMP07738 259 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 HCAR3P49019 387 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 RPIAP49247 311 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 FAM163AQ96GL9 167 aaPredicted RBP9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 LDAHQ9H6V9 325 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 ANKRA2Q9H9E1 313 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CNOT6Q9ULM6 557 aaKnown RBP9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 DRG2P55039 364 aaKnown RBP9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SLC1A5Q15758 541 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 MPP5Q8N3R9 675 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CNTD1Q8N815 330 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 VANGL1Q8TAA9 524 aaPredicted RBP9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 LPPQ93052 612 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 RNF157Q96PX1 679 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SLC39A3Q9BRY0 314 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 C12orf4Q9NQ89 552 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 PRKAB1Q9Y478 270 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 FER1L5A0AVI2 2057 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SLC1A2P43004 574 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 RORCP51449 518 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 GPR142Q7Z601 462 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 OXR1Q8N573 874 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 LGR4Q9BXB1 951 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SEZ6LQ9BYH1 1024 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CFL2Q9Y281 166 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 DISP2A7MBM2 1401 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 A0A0J9YYE9 177 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 E9PAM4 449 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 SNX3O60493 162 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 GOT1P17174 413 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CNTN2Q02246 1040 aa9.23□□□□□ -0.93
CUX1-201ENST00000292535 CRY2Q49AN0 593 aa9.23□□□□□ -0.93
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.4 ms