RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000631023.2

CLN3-240, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,586 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-240ENST00000631023 ATP1B2P14415 290 aaPredicted RBP20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 MGAT1P26572 445 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 GPR3P46089 330 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 FASLGP48023 281 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 CDKN1CP49918 316 aaPredicted RBP20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 CLDN6P56747 220 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 TARDBPQ13148 414 aaKnown RBP eCLIP20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 SPIDRQ14159 915 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 KIR2DS5Q14953 304 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 LYPLAL1Q5VWZ2 237 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 CDCP2Q5VXM1 449 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 AFTPHQ6ULP2 937 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 RBM44Q6ZP01 1051 aaKnown RBP20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 ZNF534Q76KX8 674 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 PCGF5Q86SE9 256 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 CCNJLQ8IV13 435 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 PPIL6Q8IXY8 311 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 Q8N9G6 341 aaPredicted RBP20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 SLC37A2Q8TED4 501 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 ZNF778Q96MU6 729 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 LRRN3Q9H3W5 708 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 MRM3Q9HC36 420 aaKnown RBP20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 PRDM8Q9NQV8 689 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 SLC2A6Q9UGQ3 507 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 RABGEF1Q9UJ41 708 aa20.38■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 AKAP13Q12802 2813 aa20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 EML2O95834 649 aa20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 GOT2P00505 430 aaKnown RBP20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 PPARGP37231 505 aaPredicted RBP20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 CRADDP78560 199 aa20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 DR1Q01658 176 aa20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 PTK6Q13882 451 aa20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 ANKRD22Q5VYY1 191 aa20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 WASH2PQ6VEQ5 465 aa20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 ZNF438Q7Z4V0 828 aa20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 SLC9B2Q86UD5 537 aa20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 OR4L1Q8NH43 312 aa20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 TRIM44Q96DX7 344 aaPredicted RBP20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 SGSM3Q96HU1 749 aa20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 WASH6PQ9NQA3 447 aa20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 ANAPC5Q9UJX4 755 aa20.37■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 IGLV3-16A0A075B6K0 115 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 A6NCN8 305 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 MGAT4DA6NG13 374 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 PDZK1P1A8MUH7 402 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 RPLP0P05388 317 aaKnown RBP20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 ALDH4A1P30038 563 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 FOXN2P32314 431 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 PTGIRP43119 386 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 CCL7P80098 99 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 B4GALNT1Q00973 533 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 DMPKQ09013 629 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 BCL7AQ4VC05 210 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 FASTKD1Q53R41 847 aaKnown RBP20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 ABRAXAS1Q6UWZ7 409 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 CERS6Q6ZMG9 384 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 SPRED1Q7Z699 444 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 PIANPQ8IYJ0 282 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 SH3KBP1Q96B97 665 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 GRAMD1AQ96CP6 724 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 GFM1Q96RP9 751 aaKnown RBP20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 KIFC1Q9BW19 673 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 VPS37BQ9H9H4 285 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 SARS2Q9NP81 518 aaKnown RBP20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 SYBUQ9NX95 663 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 SAMD15Q9P1V8 674 aa20.36■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 MAGEB16A2A368 324 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 OR51F1A6NGY5 319 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 PRR19A6NJB7 356 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 SDR42E2A6NKP2 422 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 PPM1DO15297 605 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 TMEM63AO94886 807 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 NSG1P42857 185 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 HHEXQ03014 270 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 ITIH4Q14624 930 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 NR1D2Q14995 579 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 AGAP9Q5VTM2 703 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 CASC4Q6P4E1 433 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 CAND1Q86VP6 1230 aaKnown RBP20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 MARCH9Q86YJ5 346 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 NAT8LQ8N9F0 302 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 LINC00615Q96LM1 132 aaPredicted RBP20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 SLC38A3Q99624 504 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 TREX1Q9NSU2 369 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 SOX13Q9UN79 622 aa20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 COL27A1Q8IZC6 1860 aaPredicted RBP20.35■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 GOLGA8MH3BSY2 632 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 QSOX1O00391 747 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 NTN3O00634 580 aaPredicted RBP20.34■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 AVILO75366 819 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 CSO75390 466 aaKnown RBP20.34■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 PRSS56P0CW18 603 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 XRCC1P18887 633 aaPredicted RBP20.34■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 RPL10P27635 214 aaKnown RBP20.34■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 PBLDP30039 288 aaPredicted RBP20.34■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 HALP42357 657 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 PRLHRP49683 370 aa20.34■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 DHX34Q14147 1143 aaKnown RBP20.34■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 SEPT7Q16181 437 aaKnown RBP20.34■□□□□ 0.85
CLN3-240ENST00000631023 DBN1Q16643 649 aa20.34■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33.2 ms