RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550857.5

PTPRB-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-209ENST00000550857 SLC25A23Q9BV35 468 aa7.98□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 DEFB126Q9BYW3 111 aa7.98□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 GPR160Q9UJ42 338 aa7.98□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 FCF1Q9Y324 198 aaKnown RBP7.98□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 A0A1B0GW55 424 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 GMNCA6NCL1 334 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 CNMDO75829 334 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 DUX4L2P0CJ85 424 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 DUX4L3P0CJ86 424 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 DUX4L4P0CJ87 422 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 DUX4L5P0CJ88 424 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 DUX4L6P0CJ89 424 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 DUX4L7P0CJ90 424 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 HGFP14210 728 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 GJA5P36382 358 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 FOLR3P41439 243 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 SLC13A2Q13183 592 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 CHI3L2Q15782 390 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 SNCBQ16143 134 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 DPY19L1Q2PZI1 675 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 ERICH5Q6P6B1 374 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 RNF19BQ6ZMZ0 732 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 TMEM110Q86TL2 294 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 NUDT13Q86X67 352 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 HDAC10Q969S8 669 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 KIAA1191Q96A73 305 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 PAFAH2Q99487 392 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 CHP1Q99653 195 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 FUT8Q9BYC5 575 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 PAK6Q9NQU5 681 aaPredicted RBP7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 DUX4Q9UBX2 424 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 STYXL1Q9Y6J8 313 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 IGKV6-21A0A0C4DH24 114 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 PRORSD1PA6NEY8 169 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 B2RBV5 119 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 M0QZQ0 153 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 ECDO95905 644 aaPredicted RBP7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 CD38P28907 300 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 SLC7A9P82251 487 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 LIN28BQ6ZN17 250 aaKnown RBP eCLIP7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 TRAM1L1Q8N609 369 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 C12orf29Q8N999 325 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 CLEC1AQ8NC01 280 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 MAGED4Q96JG8 741 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 ACSS2Q9NR19 701 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 WNT16Q9UBV4 365 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 HCFC2Q9Y5Z7 792 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 BLACEA4D250 179 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 ZNF487B1APH4 448 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 KCNH1O95259 989 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 PLIN5Q00G26 463 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 FAAP100Q0VG06 881 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 TRIM32Q13049 653 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 ZSWIM7Q19AV6 140 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 CASP12Q6UXS9 341 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 LRRC55Q6ZSA7 311 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 FIBINQ8TAL6 211 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 TMEM248Q9NWD8 314 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 ATXN2Q99700 1313 aaKnown RBP7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 ZNF840PA6NDX5 716 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 BCAS2O75934 225 aaPredicted RBP7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 GIMD1P0DJR0 217 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 PRPS2P11908 318 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 GSTM2P28161 218 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 FOXN2P32314 431 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 CTBP2P56545 445 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 EPS8Q12929 822 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 DSG2Q14126 1118 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 PTPN20Q4JDL3 420 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 KIAA0319Q5VV43 1072 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 SLC8B1Q6J4K2 584 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 DNM1P34Q6PK57 102 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 RTL4Q6ZR62 310 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 SERPINA9Q86WD7 417 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 TEX9Q8N6V9 391 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 PTPN18Q99952 460 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 TBL1XR1Q9BZK7 514 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 TBX21Q9UL17 535 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 NHSQ6T4R5 1651 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 IGKV6D-21A0A0A0MT36 114 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 FAM237BA0A1B0GVD1 139 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 E7ENQ6 273 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 LYPLA1O75608 230 aaPredicted RBP7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 TCEA3O75764 348 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 AFF3P51826 1226 aaKnown RBP7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 RPA4Q13156 261 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 NOMO1Q15155 1222 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 SHROOM1Q2M3G4 852 aaPredicted RBP7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 KIAA0895LQ68EN5 471 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 GPR180Q86V85 440 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 BPHLQ86WA6 291 aaPredicted RBP7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 C17orf53Q8N3J3 647 aaPredicted RBP7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 UBR7Q8N806 425 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 TC2NQ8N9U0 490 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 FGF13Q92913 245 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 P2RY11Q96G91 374 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 BTBD9Q96Q07 612 aa7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 DUSP9Q99956 384 aaKnown RBP7.97□□□□□ -1.13
PTPRB-209ENST00000550857 RNF39Q9H2S5 420 aa7.97□□□□□ -1.13
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 29.1 ms