RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 WDR48Q8TAF3 677 aa15.61■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 SLC37A2Q8TED4 501 aa15.61■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 PBKQ96KB5 322 aa15.61■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 DNAJC1Q96KC8 554 aaKnown RBP15.61■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 LRRN3Q9H3W5 708 aa15.61■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 SYNDIG1Q9H7V2 258 aa15.61■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 KLC4Q9NSK0 619 aa15.61■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 PAK5Q9P286 719 aa15.61■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 KMT2BQ9UMN6 2715 aaPredicted RBP15.61■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 EPG5Q9HCE0 2579 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 A0A1W2PNU3 283 aaPredicted RBP15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 B4GAT1O43505 415 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 RPLP0P05388 317 aaKnown RBP15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 ZNF7P17097 686 aaPredicted RBP15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 CLCNKAP51800 687 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 CTSCP53634 463 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 NFATC2Q13469 925 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 LDLRAP1Q5SW96 308 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 LINC00523Q86TU6 105 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 PROSER1Q86XN7 944 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 RASGEF1AQ8N9B8 481 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 COG1Q8WTW3 980 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 CCDC97Q96F63 343 aaPredicted RBP15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 ASB8Q9H765 288 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 SMARCAL1Q9NZC9 954 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 TTC7AQ9ULT0 858 aaPredicted RBP15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 ACACAQ13085 2346 aa15.6■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 MROH6A6NGR9 719 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 D6RAR5 112 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 HADHAP40939 763 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 FASLGP48023 281 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 OR1D5P58170 312 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 IYDQ6PHW0 289 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 TMPRSS9Q7Z410 1059 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 B3GNT8Q7Z7M8 397 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 KIF18AQ8NI77 898 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 NXPE2Q96DL1 559 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 ATXN7L3BQ96GX2 97 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 GFM1Q96RP9 751 aaKnown RBP15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 OSBPL9Q96SU4 736 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 TIMM29Q9BSF4 260 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 PRDM8Q9NQV8 689 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 NLE1Q9NVX2 485 aaPredicted RBP15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 ATXN7L1Q9ULK2 861 aaPredicted RBP15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 APC2O95996 2303 aa15.59■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 RHPN2P1A8MT19 583 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 H7C0S8 307 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 SNX2O60749 519 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 APRTP07741 180 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 F3P13726 295 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 PSMA3P25788 255 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 ALDH4A1P30038 563 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 ETF1P62495 437 aaKnown RBP15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 CDH17Q12864 832 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 INSCQ1MX18 579 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 TTC27Q6P3X3 843 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 TRAPPC5Q8IUR0 188 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 STYXQ8WUJ0 223 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 NAT14Q8WUY8 206 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 CDKN2AIPNLQ96HQ2 116 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 TTC25Q96NG3 672 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 FAM96AQ9H5X1 160 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 CASS4Q9NQ75 786 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 HOMER3Q9NSC5 361 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 SCHIP1Q9P0W5 487 aaPredicted RBP15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 DNAJC16Q9Y2G8 782 aa15.58■□□□□ 0.09
CLN3-201ENST00000333496 URB1O60287 2271 aaKnown RBP15.58■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 CCDC78A2IDD5 438 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 OR2AG2A6NM03 316 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 E7EVH7 732 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 KIF5CO60282 957 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 MC4RP32245 332 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 GPR3P46089 330 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 LMAN1P49257 510 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 CDKN1CP49918 316 aaPredicted RBP15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 GTF2H3Q13889 308 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 SEPT6Q14141 434 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 CCDC38Q502W7 563 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 CHCHD2P9Q5T1J5 151 aaPredicted RBP15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 TMEM220Q6QAJ8 160 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 GSTA5Q7RTV2 222 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 SNX20Q7Z614 316 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 ZNF761Q86XN6 746 aaPredicted RBP15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 DNAAF3Q8N9W5 541 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 AP1M1Q9BXS5 423 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 FOXP3Q9BZS1 431 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 OSGEPL1Q9H4B0 414 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 RDH14Q9HBH5 336 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 SNX12Q9UMY4 172 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 AK5Q9Y6K8 562 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 TRBV5-4A0A0C4DH59 114 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 PMS2P1A4D2B8 440 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 SRRM3A6NNA2 597 aaPredicted RBP15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 ZNF185O15231 689 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 SGTAO43765 313 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 BRINP1O60477 761 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 MPOP05164 745 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 PRSS56P0CW18 603 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 BRAFP15056 766 aa15.57■□□□□ 0.08
CLN3-201ENST00000333496 CD1CP29017 333 aa15.57■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 38.6 ms