RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636228.1

CLN3-246, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 1,224 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-246ENST00000636228 CARD14Q9BXL6 1004 aa22.55■■□□□ 1.2
CLN3-246ENST00000636228 SLC27A3Q5K4L6 730 aa22.53■■□□□ 1.2
CLN3-246ENST00000636228 ARXQ96QS3 562 aa22.53■■□□□ 1.2
CLN3-246ENST00000636228 PAPPAQ13219 1627 aa22.53■■□□□ 1.2
CLN3-246ENST00000636228 RTL1A6NKG5 1358 aa22.52■■□□□ 1.2
CLN3-246ENST00000636228 CDCA8Q53HL2 280 aa22.52■■□□□ 1.2
CLN3-246ENST00000636228 FAM208AQ9UK61 1670 aaKnown RBP22.52■■□□□ 1.2
CLN3-246ENST00000636228 NSD2O96028 1365 aa22.51■■□□□ 1.19
CLN3-246ENST00000636228 RAPGEF4Q8WZA2 1011 aa22.51■■□□□ 1.19
CLN3-246ENST00000636228 TFCP2L1Q9NZI6 479 aa22.5■■□□□ 1.19
CLN3-246ENST00000636228 RGPD2P0DJD1 1756 aa22.49■■□□□ 1.19
CLN3-246ENST00000636228 TATP17735 454 aaPredicted RBP22.49■■□□□ 1.19
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CLN3-246ENST00000636228 EMILIN1Q9Y6C2 1016 aa22.49■■□□□ 1.19
CLN3-246ENST00000636228 PNPLA7Q6ZV29 1317 aa22.49■■□□□ 1.19
CLN3-246ENST00000636228 INSRP06213 1382 aa22.48■■□□□ 1.19
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CLN3-246ENST00000636228 CCNL1Q9UK58 526 aaPredicted RBP22.47■■□□□ 1.19
CLN3-246ENST00000636228 NSD3Q9BZ95 1437 aa22.47■■□□□ 1.19
CLN3-246ENST00000636228 PPM1GO15355 546 aaPredicted RBP22.46■■□□□ 1.19
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CLN3-246ENST00000636228 CGNL1Q0VF96 1302 aa22.44■■□□□ 1.18
CLN3-246ENST00000636228 DOT1LQ8TEK3 1739 aa22.43■■□□□ 1.18
CLN3-246ENST00000636228 SLC16A10Q8TF71 515 aa22.43■■□□□ 1.18
CLN3-246ENST00000636228 SHANK3Q9BYB0 1731 aa22.43■■□□□ 1.18
CLN3-246ENST00000636228 CYP27B1O15528 508 aa22.42■■□□□ 1.18
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CLN3-246ENST00000636228 POLD1P28340 1107 aa22.41■■□□□ 1.18
CLN3-246ENST00000636228 MPRIPQ6WCQ1 1025 aa22.41■■□□□ 1.18
CLN3-246ENST00000636228 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa22.41■■□□□ 1.18
CLN3-246ENST00000636228 PCDH11XQ9BZA7 1347 aa22.4■■□□□ 1.18
CLN3-246ENST00000636228 PCDH11YQ9BZA8 1340 aa22.4■■□□□ 1.18
CLN3-246ENST00000636228 COL23A1Q86Y22 540 aaPredicted RBP22.39■■□□□ 1.17
CLN3-246ENST00000636228 KIF24Q5T7B8 1368 aa22.38■■□□□ 1.17
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CLN3-246ENST00000636228 GPR162Q16538 588 aa22.37■■□□□ 1.17
CLN3-246ENST00000636228 ZNF784Q8NCA9 323 aaPredicted RBP22.37■■□□□ 1.17
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CLN3-246ENST00000636228 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP22.36■■□□□ 1.17
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CLN3-246ENST00000636228 NLGN2Q8NFZ4 835 aa22.35■■□□□ 1.17
CLN3-246ENST00000636228 EYA1Q99502 592 aa22.35■■□□□ 1.17
CLN3-246ENST00000636228 POLKQ9UBT6 870 aa22.35■■□□□ 1.17
CLN3-246ENST00000636228 PALLDQ8WX93 1383 aa22.35■■□□□ 1.17
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CLN3-246ENST00000636228 LY75O60449 1722 aa22.34■■□□□ 1.17
CLN3-246ENST00000636228 SMIM5Q71RC9 77 aa22.33■■□□□ 1.17
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CLN3-246ENST00000636228 PHF14O94880 888 aa22.26■■□□□ 1.15
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CLN3-246ENST00000636228 PHKG2P15735 406 aa22.25■■□□□ 1.15
CLN3-246ENST00000636228 ASAP1Q9ULH1 1129 aa22.25■■□□□ 1.15
CLN3-246ENST00000636228 TOGARAM1Q9Y4F4 1720 aa22.25■■□□□ 1.15
CLN3-246ENST00000636228 YBX3P16989 372 aaKnown RBP eCLIP22.24■■□□□ 1.15
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CLN3-246ENST00000636228 FLAD1Q8NFF5 587 aa22.24■■□□□ 1.15
CLN3-246ENST00000636228 BCLAF1Q9NYF8 920 aaKnown RBP eCLIP22.24■■□□□ 1.15
CLN3-246ENST00000636228 TMOD3Q9NYL9 352 aa22.24■■□□□ 1.15
CLN3-246ENST00000636228 COL24A1Q17RW2 1714 aa22.23■■□□□ 1.15
CLN3-246ENST00000636228 LOC102724428A0A0B4J2F2 783 aa22.23■■□□□ 1.15
CLN3-246ENST00000636228 SIK1P57059 783 aa22.23■■□□□ 1.15
CLN3-246ENST00000636228 LINC00116Q8NCU8 138 aa22.23■■□□□ 1.15
CLN3-246ENST00000636228 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP22.22■■□□□ 1.15
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CLN3-246ENST00000636228 PKD1L3Q7Z443 1732 aa22.21■■□□□ 1.15
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CLN3-246ENST00000636228 ATG3Q9NT62 314 aa22.2■■□□□ 1.14
CLN3-246ENST00000636228 HMGB2P26583 209 aaKnown RBP22.19■■□□□ 1.14
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CLN3-246ENST00000636228 C4BP0C0L5 1744 aa22.17■■□□□ 1.14
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CLN3-246ENST00000636228 MORC1Q86VD1 984 aa22.17■■□□□ 1.14
CLN3-246ENST00000636228 WWC3Q9ULE0 1092 aa22.17■■□□□ 1.14
CLN3-246ENST00000636228 CD2APQ9Y5K6 639 aa22.17■■□□□ 1.14
CLN3-246ENST00000636228 GNPATO15228 680 aa22.16■■□□□ 1.14
CLN3-246ENST00000636228 GRIN3BO60391 1043 aa22.15■■□□□ 1.14
CLN3-246ENST00000636228 AEBP1Q8IUX7 1158 aa22.15■■□□□ 1.14
CLN3-246ENST00000636228 GOLGB1Q14789 3259 aaKnown RBP22.14■■□□□ 1.13
CLN3-246ENST00000636228 SSFA2P28290 1259 aa22.14■■□□□ 1.13
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