RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550857.5

PTPRB-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-209ENST00000550857 GBP4Q96PP9 640 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 PCDH11XQ9BZA7 1347 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 PCDH11YQ9BZA8 1340 aa9.72□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 HLA-DOAP06340 250 aa9.71□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 TMEM132AQ24JP5 1023 aa9.71□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 TSR1Q2NL82 804 aaKnown RBP9.71□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 TCP11L2Q8N4U5 519 aa9.71□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 C6orf229H3BNL8 230 aa9.71□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 NSD3Q9BZ95 1437 aa9.71□□□□□ -0.85
PTPRB-209ENST00000550857 APAF1O14727 1248 aa9.71□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 CNTROBQ8N137 903 aa9.71□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 RBM27Q9P2N5 1060 aaKnown RBP9.71□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 NOS1P29475 1434 aa9.71□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 GNAI2P04899 355 aa9.71□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP9.71□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP9.71□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 ANKRD18BA2A2Z9 1011 aa9.71□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 BAG3O95817 575 aa9.71□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 TPM1P09493 284 aa9.71□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 SNRPA1P09661 255 aaKnown RBP9.71□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 SLC12A5Q9H2X9 1139 aa9.7□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 SCAF11Q99590 1463 aaKnown RBP9.7□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 TRAPPC3LQ5T215 181 aa9.7□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 WAPLQ7Z5K2 1190 aa9.7□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 ACEP12821 1306 aa9.7□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC152Q4G0S7 254 aa9.7□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC178Q5BJE1 867 aa9.7□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 CERKQ8TCT0 537 aa9.7□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 PIK3C2GO75747 1445 aa9.7□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 WDR63Q8IWG1 891 aa9.7□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 RILPL2Q969X0 211 aa9.7□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 TRMT112Q9UI30 125 aaKnown RBP9.7□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 ANKRD36BQ8N2N9 1353 aa9.7□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 TWISTNBQ3B726 338 aaPredicted RBP9.69□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 TCOF1Q13428 1488 aaKnown RBP9.69□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 KDM6BO15054 1643 aa9.69□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 IFIT5Q13325 482 aaKnown RBP9.69□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 DBF4Q9UBU7 674 aaPredicted RBP9.69□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 SOS1Q07889 1333 aaPredicted RBP9.69□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 PPP4R3AQ6IN85 833 aa9.68□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 HSP90AA2PQ14568 343 aaPredicted RBP9.68□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 SAMD1Q6SPF0 538 aaPredicted RBP9.68□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 DZIP1Q86YF9 867 aaKnown RBP9.68□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 NECTIN2Q92692 538 aa9.68□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 PTCD1O75127 700 aaKnown RBP9.68□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 ATP6V1AP38606 617 aa9.68□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 TPD52L1Q16890 204 aaPredicted RBP9.68□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 CERS3Q8IU89 383 aa9.68□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 RAI14Q9P0K7 980 aa9.68□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 KIF7Q2M1P5 1343 aa9.68□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 TMEM2Q9UHN6 1383 aa9.68□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 APBA3O96018 575 aa9.68□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 RDXP35241 583 aaKnown RBP9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 TXLNAP40222 546 aa9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 PARP10Q53GL7 1025 aa9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 RBM17Q96I25 401 aaKnown RBP9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 ANKRD2Q9GZV1 360 aa9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 PLCG2P16885 1265 aa9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 QTRT2Q9H974 415 aaKnown RBP9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 LRP2BPQ9P2M1 347 aa9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 DISP3Q9P2K9 1392 aa9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 PHF14O94880 888 aa9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 DESP17661 470 aa9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 FSD1Q9BTV5 496 aa9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 FYB1O15117 783 aa9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 METTL24Q5JXM2 366 aa9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 DCAF5Q96JK2 942 aa9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 MAST3O60307 1309 aa9.67□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 OTUD7BQ6GQQ9 843 aa9.66□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 CCNL1Q9UK58 526 aaPredicted RBP9.66□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 CLUAP1Q96AJ1 413 aa9.66□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 LRRCC1Q9C099 1032 aa9.66□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 PRKRIP1Q9H875 184 aaPredicted RBP9.66□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 SURF6O75683 361 aaKnown RBP9.66□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 TPM3P06753 285 aa9.66□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 PDIA4P13667 645 aaKnown RBP9.66□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 TCIRG1Q13488 830 aa9.66□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 ANKRD45Q5TZF3 282 aa9.66□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 SYCP2Q9BX26 1530 aa9.66□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 MAP3K12Q12852 859 aa9.65□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 KIF22Q14807 665 aa9.65□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 TRIM22Q8IYM9 498 aa9.65□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 BTG4Q9NY30 223 aa9.65□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 ZC3H12CQ9C0D7 883 aaKnown RBP9.65□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 ATP7AQ04656 1500 aa9.65□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 H0YIN7 160 aa9.65□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 UQCRFS1P1P0C7P4 283 aa9.65□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 INTS3Q68E01 1043 aaKnown RBP9.65□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 ZNF804AQ7Z570 1209 aa9.65□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 AIDAQ96BJ3 306 aa9.65□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 FEZ1Q99689 392 aa9.65□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP9.65□□□□□ -0.86
PTPRB-209ENST00000550857 ATP2B2Q01814 1243 aa9.65□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 TTF1Q15361 905 aaPredicted RBP9.65□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 SH2D4AQ9H788 454 aa9.65□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa9.65□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 RBM6P78332 1123 aaKnown RBP9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 CUL5Q93034 780 aa9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 FLT4P35916 1363 aa9.64□□□□□ -0.87
PTPRB-209ENST00000550857 MYL6BP14649 208 aa9.64□□□□□ -0.87
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 18.9 ms