RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000515011.5

PDE4D-223, Transcript of phosphodiesterase 4D, human

TSL 1 (best)

Gene PDE4D, Length 2,175 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PDE4D-223	ENST00000515011	VIRMA	Q69YN4	1812 aa	Known RBP	29.04	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	ABCC4	O15439	1325 aa		29.04	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	ERICH6	Q7L0X2	663 aa		29.03	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	29.03	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	IP6K1	Q92551	441 aa		29.03	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	PDZRN3	Q9UPQ7	1066 aa		29.03	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	TRPM3	Q9HCF6	1732 aa	Predicted RBP	29.03	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	SLIT3	O75094	1523 aa		29.03	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	HTATSF1	O43719	755 aa	Known RBP	29.03	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	NOP58	Q9Y2X3	529 aa	Known RBP	29.03	■■■□□ 2.24
PDE4D-223	ENST00000515011	C1orf167	Q5SNV9	1468 aa		29.01	■■■□□ 2.23
PDE4D-223	ENST00000515011	API5	Q9BZZ5	524 aa	Known RBP	29.01	■■■□□ 2.23
PDE4D-223	ENST00000515011	CHMP4B	Q9H444	224 aa	Known RBP	29.01	■■■□□ 2.23
PDE4D-223	ENST00000515011	C19orf44	Q9H6X5	657 aa		28.99	■■■□□ 2.23
PDE4D-223	ENST00000515011	LTV1	Q96GA3	475 aa	Predicted RBP	28.98	■■■□□ 2.23
PDE4D-223	ENST00000515011	KRT24	Q2M2I5	525 aa		28.97	■■■□□ 2.23
PDE4D-223	ENST00000515011	ZBTB7B	O15156	539 aa	Predicted RBP	28.96	■■■□□ 2.23
PDE4D-223	ENST00000515011	MSH6	P52701	1360 aa		28.95	■■■□□ 2.23
PDE4D-223	ENST00000515011	MAP3K5	Q99683	1374 aa		28.95	■■■□□ 2.23
PDE4D-223	ENST00000515011	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		28.95	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	MST1R	Q04912	1400 aa		28.95	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	GNAT3	A8MTJ3	354 aa		28.95	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	SMC5	Q8IY18	1101 aa		28.95	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	USP19	O94966	1318 aa		28.94	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	TSPYL4	Q9UJ04	414 aa		28.94	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	DCC	P43146	1447 aa		28.94	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		28.94	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	ZBTB47	Q9UFB7	747 aa	Predicted RBP	28.93	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	XPC	Q01831	940 aa	Predicted RBP	28.92	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	RGS12	O14924	1447 aa		28.92	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	TMEM94	Q12767	1356 aa		28.91	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	GC	P02774	474 aa		28.91	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		28.91	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		28.9	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	USHBP1	Q8N6Y0	703 aa		28.9	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	MIS18A	Q9NYP9	233 aa		28.9	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	ALS2	Q96Q42	1657 aa		28.89	■■■□□ 2.22
PDE4D-223	ENST00000515011	NBPF6	Q5VWK0	638 aa		28.88	■■■□□ 2.21
PDE4D-223	ENST00000515011	NBPF4	Q96M43	638 aa		28.88	■■■□□ 2.21
PDE4D-223	ENST00000515011	PTPRC	P08575	1304 aa		28.88	■■■□□ 2.21
PDE4D-223	ENST00000515011	NCAPD2	Q15021	1401 aa		28.87	■■■□□ 2.21
PDE4D-223	ENST00000515011	RGPD2	P0DJD1	1756 aa		28.86	■■■□□ 2.21
PDE4D-223	ENST00000515011	INTS3	Q68E01	1043 aa	Known RBP	28.86	■■■□□ 2.21
PDE4D-223	ENST00000515011	DDRGK1	Q96HY6	314 aa		28.86	■■■□□ 2.21
PDE4D-223	ENST00000515011	BABAM1	Q9NWV8	329 aa		28.86	■■■□□ 2.21
PDE4D-223	ENST00000515011	IL17RE	Q8NFR9	667 aa		28.86	■■■□□ 2.21
PDE4D-223	ENST00000515011	ATF3	P18847	181 aa		28.85	■■■□□ 2.21
PDE4D-223	ENST00000515011	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		28.84	■■■□□ 2.21
PDE4D-223	ENST00000515011	ZBTB7C	A1YPR0	619 aa		28.84	■■■□□ 2.21
PDE4D-223	ENST00000515011	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	28.83	■■■□□ 2.21
PDE4D-223	ENST00000515011	LMOD2	Q6P5Q4	547 aa		28.82	■■■□□ 2.2
PDE4D-223	ENST00000515011	SOS1	Q07889	1333 aa	Predicted RBP	28.82	■■■□□ 2.2
PDE4D-223	ENST00000515011	CEMIP	Q8WUJ3	1361 aa		28.81	■■■□□ 2.2
PDE4D-223	ENST00000515011	FAM208A	Q9UK61	1670 aa	Known RBP	28.81	■■■□□ 2.2
PDE4D-223	ENST00000515011	HSPA2	P54652	639 aa		28.81	■■■□□ 2.2
PDE4D-223	ENST00000515011	NUCB1	Q02818	461 aa		28.81	■■■□□ 2.2
PDE4D-223	ENST00000515011	LMO7	Q8WWI1	1683 aa		28.81	■■■□□ 2.2
PDE4D-223	ENST00000515011	TAF7	Q15545	349 aa	Predicted RBP	28.81	■■■□□ 2.2
PDE4D-223	ENST00000515011	C1orf115	Q9H7X2	142 aa		28.81	■■■□□ 2.2
PDE4D-223	ENST00000515011	SLC4A2	P04920	1241 aa		28.79	■■■□□ 2.2
PDE4D-223	ENST00000515011	LRRC59	Q96AG4	307 aa	Known RBP	28.79	■■■□□ 2.2
PDE4D-223	ENST00000515011	GCC1	Q96CN9	775 aa		28.79	■■■□□ 2.2
PDE4D-223	ENST00000515011	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	28.78	■■■□□ 2.2
PDE4D-223	ENST00000515011	SIRT2	Q8IXJ6	389 aa		28.77	■■■□□ 2.2
PDE4D-223	ENST00000515011	ANKRD24	Q8TF21	1146 aa		28.77	■■■□□ 2.2
PDE4D-223	ENST00000515011	CADPS2	Q86UW7	1296 aa		28.76	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	MYT1	Q01538	1121 aa		28.75	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	CHD1L	Q86WJ1	897 aa		28.75	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	SEC24B	O95487	1268 aa		28.73	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	PLEKHO1	Q53GL0	409 aa	Predicted RBP	28.73	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	STK31	Q9BXU1	1019 aa		28.73	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	PLEKHG5	O94827	1062 aa		28.72	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	AMOT	Q4VCS5	1084 aa		28.72	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	AKAP4	Q5JQC9	854 aa		28.72	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		28.72	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	G2E3	Q7L622	706 aa		28.72	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	KDM3B	Q7LBC6	1761 aa		28.72	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	ATP10D	Q9P241	1426 aa		28.72	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	AXIN2	Q9Y2T1	843 aa		28.72	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	XIRP1	Q702N8	1843 aa	Known RBP	28.71	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	NPHP3	Q7Z494	1330 aa		28.71	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	RGPD5	Q99666	1765 aa		28.7	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	CACNA1F	O60840	1977 aa		28.7	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	OVOS2	A0A0G2JMS6	1433 aa		28.7	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	ZNF530	Q6P9A1	599 aa	Predicted RBP	28.7	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		28.7	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	LNPK	Q9C0E8	428 aa		28.7	■■■□□ 2.19
PDE4D-223	ENST00000515011	PXDN	Q92626	1479 aa		28.69	■■■□□ 2.18
PDE4D-223	ENST00000515011	TNS3	Q68CZ2	1445 aa		28.69	■■■□□ 2.18
PDE4D-223	ENST00000515011	ERBB3	P21860	1342 aa		28.68	■■■□□ 2.18
PDE4D-223	ENST00000515011	CCT4	P50991	539 aa	Known RBP	28.68	■■■□□ 2.18
PDE4D-223	ENST00000515011	ANKRD44	Q8N8A2	993 aa		28.67	■■■□□ 2.18
PDE4D-223	ENST00000515011	DDX17	Q92841	729 aa	Known RBP	28.67	■■■□□ 2.18
PDE4D-223	ENST00000515011	LGR6	Q9HBX8	967 aa		28.67	■■■□□ 2.18
PDE4D-223	ENST00000515011	STRC	Q7RTU9	1775 aa		28.67	■■■□□ 2.18
PDE4D-223	ENST00000515011	ANKRD45	Q5TZF3	282 aa		28.66	■■■□□ 2.18
PDE4D-223	ENST00000515011	CRYBG1	Q9Y4K1	1723 aa		28.66	■■■□□ 2.18
PDE4D-223	ENST00000515011	ABCC6	O95255	1503 aa		28.66	■■■□□ 2.18
PDE4D-223	ENST00000515011	RPAP2	Q8IXW5	612 aa	Predicted RBP	28.65	■■■□□ 2.18
PDE4D-223	ENST00000515011	COL18A1	P39060	1754 aa		28.65	■■■□□ 2.18

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