RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-215ENST00000484528 HSP90AB2PQ58FF8 381 aa29.95■■■□□ 2.39
USP40-215ENST00000484528 FLT4P35916 1363 aa29.94■■■□□ 2.38
USP40-215ENST00000484528 ZCRB1Q8TBF4 217 aaKnown RBP29.94■■■□□ 2.38
USP40-215ENST00000484528 SYTL4Q96C24 671 aaPredicted RBP29.93■■■□□ 2.38
USP40-215ENST00000484528 INSRP06213 1382 aa29.92■■■□□ 2.38
USP40-215ENST00000484528 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP29.92■■■□□ 2.38
USP40-215ENST00000484528 EMILIN1Q9Y6C2 1016 aa29.91■■■□□ 2.38
USP40-215ENST00000484528 MAP2P11137 1827 aaKnown RBP29.91■■■□□ 2.38
USP40-215ENST00000484528 ANKRD26Q9UPS8 1709 aa29.91■■■□□ 2.38
USP40-215ENST00000484528 ATF5Q9Y2D1 282 aaPredicted RBP29.9■■■□□ 2.38
USP40-215ENST00000484528 PRIM1P49642 420 aaKnown RBP29.89■■■□□ 2.38
USP40-215ENST00000484528 RAPGEF4Q8WZA2 1011 aa29.89■■■□□ 2.38
USP40-215ENST00000484528 LRRC4BQ9NT99 713 aa29.89■■■□□ 2.38
USP40-215ENST00000484528 KIF24Q5T7B8 1368 aa29.88■■■□□ 2.37
USP40-215ENST00000484528 ZNF827Q17R98 1081 aa29.87■■■□□ 2.37
USP40-215ENST00000484528 LY75O60449 1722 aa29.86■■■□□ 2.37
USP40-215ENST00000484528 PPM1GO15355 546 aaPredicted RBP29.86■■■□□ 2.37
USP40-215ENST00000484528 NSD2O96028 1365 aa29.86■■■□□ 2.37
USP40-215ENST00000484528 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP29.85■■■□□ 2.37
USP40-215ENST00000484528 TUBGCP6Q96RT7 1819 aa29.85■■■□□ 2.37
USP40-215ENST00000484528 TATP17735 454 aaPredicted RBP29.84■■■□□ 2.37
USP40-215ENST00000484528 PTGER2P43116 358 aa29.84■■■□□ 2.37
USP40-215ENST00000484528 CGNL1Q0VF96 1302 aa29.84■■■□□ 2.37
USP40-215ENST00000484528 KCNQ4P56696 695 aa29.83■■■□□ 2.37
USP40-215ENST00000484528 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP29.83■■■□□ 2.37
USP40-215ENST00000484528 QSER1Q2KHR3 1735 aa29.8■■■□□ 2.36
USP40-215ENST00000484528 PKD1L3Q7Z443 1732 aa29.8■■■□□ 2.36
USP40-215ENST00000484528 MTFR1LQ9H019 292 aa29.8■■■□□ 2.36
USP40-215ENST00000484528 SLC27A3Q5K4L6 730 aa29.79■■■□□ 2.36
USP40-215ENST00000484528 TOGARAM1Q9Y4F4 1720 aa29.78■■■□□ 2.36
USP40-215ENST00000484528 PCDH11XQ9BZA7 1347 aa29.77■■■□□ 2.36
USP40-215ENST00000484528 PCDH11YQ9BZA8 1340 aa29.77■■■□□ 2.36
USP40-215ENST00000484528 TNNT2P45379 298 aaPredicted RBP29.77■■■□□ 2.36
USP40-215ENST00000484528 AKT1S1Q96B36 256 aa29.77■■■□□ 2.36
USP40-215ENST00000484528 ITGB4P16144 1822 aa29.76■■■□□ 2.35
USP40-215ENST00000484528 SGIP1Q9BQI5 828 aa29.74■■■□□ 2.35
USP40-215ENST00000484528 WASHC2AQ641Q2 1341 aa29.73■■■□□ 2.35
USP40-215ENST00000484528 NCAPD2Q15021 1401 aa29.73■■■□□ 2.35
USP40-215ENST00000484528 CYP27B1O15528 508 aa29.73■■■□□ 2.35
USP40-215ENST00000484528 POLKQ9UBT6 870 aa29.73■■■□□ 2.35
USP40-215ENST00000484528 CCNL1Q9UK58 526 aaPredicted RBP29.73■■■□□ 2.35
USP40-215ENST00000484528 PANK3Q9H999 370 aa29.72■■■□□ 2.35
USP40-215ENST00000484528 FHDC1Q9C0D6 1143 aaPredicted RBP29.71■■■□□ 2.35
USP40-215ENST00000484528 PNPLA7Q6ZV29 1317 aa29.71■■■□□ 2.35
USP40-215ENST00000484528 C5P01031 1676 aa29.7■■■□□ 2.35
USP40-215ENST00000484528 DCAF8L1A6NGE4 600 aa29.7■■■□□ 2.35
USP40-215ENST00000484528 EYA1Q99502 592 aa29.7■■■□□ 2.35
USP40-215ENST00000484528 TFCP2L1Q9NZI6 479 aa29.7■■■□□ 2.35
USP40-215ENST00000484528 MPRIPQ6WCQ1 1025 aa29.68■■■□□ 2.34
USP40-215ENST00000484528 TAF1LQ8IZX4 1826 aa29.68■■■□□ 2.34
USP40-215ENST00000484528 ARXQ96QS3 562 aa29.67■■■□□ 2.34
USP40-215ENST00000484528 SYT17Q9BSW7 474 aa29.66■■■□□ 2.34
USP40-215ENST00000484528 EIF4A2Q14240 407 aaKnown RBP29.65■■■□□ 2.34
USP40-215ENST00000484528 COL24A1Q17RW2 1714 aa29.65■■■□□ 2.34
USP40-215ENST00000484528 YY1P25490 414 aa29.64■■■□□ 2.34
USP40-215ENST00000484528 PALLDQ8WX93 1383 aa29.64■■■□□ 2.33
USP40-215ENST00000484528 SPG7Q9UQ90 795 aa29.63■■■□□ 2.33
USP40-215ENST00000484528 SLC16A10Q8TF71 515 aa29.61■■■□□ 2.33
USP40-215ENST00000484528 MSH5O43196 834 aa29.59■■■□□ 2.33
USP40-215ENST00000484528 KLHL34Q8N239 644 aa29.59■■■□□ 2.33
USP40-215ENST00000484528 POLD1P28340 1107 aa29.57■■■□□ 2.32
USP40-215ENST00000484528 NKX1-1Q15270 411 aaPredicted RBP29.56■■■□□ 2.32
USP40-215ENST00000484528 MORC1Q86VD1 984 aa29.56■■■□□ 2.32
USP40-215ENST00000484528 COL23A1Q86Y22 540 aaPredicted RBP29.56■■■□□ 2.32
USP40-215ENST00000484528 PIGBQ92521 554 aa29.56■■■□□ 2.32
USP40-215ENST00000484528 C4BP0C0L5 1744 aa29.56■■■□□ 2.32
USP40-215ENST00000484528 BCLAF1Q9NYF8 920 aaKnown RBP eCLIP29.55■■■□□ 2.328e-7■□□□□ 11.2
USP40-215ENST00000484528 MAP3K5Q99683 1374 aa29.54■■■□□ 2.32
USP40-215ENST00000484528 IGSF1Q8N6C5 1336 aa29.54■■■□□ 2.32
USP40-215ENST00000484528 PHKG2P15735 406 aa29.53■■■□□ 2.32
USP40-215ENST00000484528 IFNL2Q8IZJ0 200 aa29.53■■■□□ 2.32
USP40-215ENST00000484528 SMARCC1Q92922 1105 aaPredicted RBP29.53■■■□□ 2.32
USP40-215ENST00000484528 KNSTRNQ9Y448 316 aa29.52■■■□□ 2.32
USP40-215ENST00000484528 KIF7Q2M1P5 1343 aa29.51■■■□□ 2.32
USP40-215ENST00000484528 UBR3Q6ZT12 1888 aa29.51■■■□□ 2.31
USP40-215ENST00000484528 MSL1Q68DK7 614 aa29.51■■■□□ 2.31
USP40-215ENST00000484528 TMOD3Q9NYL9 352 aa29.51■■■□□ 2.31
USP40-215ENST00000484528 CHD4Q14839 1912 aa29.51■■■□□ 2.31
USP40-215ENST00000484528 ASAP1Q9ULH1 1129 aa29.47■■■□□ 2.31
USP40-215ENST00000484528 UTRNP46939 3433 aa29.47■■■□□ 2.31
USP40-215ENST00000484528 AEBP1Q8IUX7 1158 aa29.46■■■□□ 2.31
USP40-215ENST00000484528 AK7Q96M32 723 aa29.46■■■□□ 2.31
USP40-215ENST00000484528 SMIM5Q71RC9 77 aa29.45■■■□□ 2.31
USP40-215ENST00000484528 AMIGO3Q86WK7 504 aa29.45■■■□□ 2.31
USP40-215ENST00000484528 PLEKHG2Q9H7P9 1386 aa29.44■■■□□ 2.3
USP40-215ENST00000484528 LOC102724428A0A0B4J2F2 783 aa29.44■■■□□ 2.3
USP40-215ENST00000484528 SIK1P57059 783 aa29.44■■■□□ 2.3
USP40-215ENST00000484528 NLGN2Q8NFZ4 835 aa29.44■■■□□ 2.3
USP40-215ENST00000484528 PHF14O94880 888 aa29.43■■■□□ 2.3
USP40-215ENST00000484528 AMER1Q5JTC6 1135 aaPredicted RBP29.43■■■□□ 2.3
USP40-215ENST00000484528 LINC00116Q8NCU8 138 aa29.43■■■□□ 2.3
USP40-215ENST00000484528 ZNF530Q6P9A1 599 aaPredicted RBP29.42■■■□□ 2.3
USP40-215ENST00000484528 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP29.42■■■□□ 2.3
USP40-215ENST00000484528 GPR162Q16538 588 aa29.41■■■□□ 2.3
USP40-215ENST00000484528 PLEKHO1Q53GL0 409 aaPredicted RBP29.41■■■□□ 2.3
USP40-215ENST00000484528 FLAD1Q8NFF5 587 aa29.41■■■□□ 2.3
USP40-215ENST00000484528 HMGB2P26583 209 aaKnown RBP29.4■■■□□ 2.3
USP40-215ENST00000484528 ITPK1Q13572 414 aa29.4■■■□□ 2.3
USP40-215ENST00000484528 ATG3Q9NT62 314 aa29.4■■■□□ 2.3
USP40-215ENST00000484528 KDM6AO15550 1401 aaPredicted RBP29.39■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 23.2 ms