RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-215ENST00000496447 ELL3Q9HB65 397 aaPredicted RBP13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 BTBD3Q9Y2F9 522 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 TRAF6Q9Y4K3 522 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 SNPHO15079 494 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 LYPLA1O75608 230 aaPredicted RBP13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 LMO2P25791 158 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 QPCTQ16769 361 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 TPGS2Q68CL5 300 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 ARHGAP36Q6ZRI8 547 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 MCEMP1Q8IX19 187 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 RPL10LQ96L21 214 aaKnown RBP13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 TRMOQ9BU70 441 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 PNPLA3Q9NST1 481 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 MRPL39Q9NYK5 338 aaKnown RBP13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 GMPPBQ9Y5P6 360 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 TRIM38O00635 465 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 CDH5P33151 784 aaPredicted RBP13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 PBX3P40426 434 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 DAOAP59103 153 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 BNIP2Q12982 314 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 TEX47Q8TBZ9 253 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 HPS1Q92902 700 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 APOLD1Q96LR9 279 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 KLHL32Q96NJ5 620 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 SLC38A3Q99624 504 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 GPR88Q9GZN0 384 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 CDH19Q9H159 772 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 TRIM39Q9HCM9 518 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 GIN1Q9NXP7 522 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 INSL6Q9Y581 213 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 MATN3O15232 486 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 CCL5P13501 91 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 MYBPC1Q00872 1141 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 FOLH1Q04609 750 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 USP4Q13107 963 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 UBAP2LQ14157 1087 aaKnown RBP13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 SLC10A6Q3KNW5 377 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 TIMM50Q3ZCQ8 353 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 RPTNQ6XPR3 784 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 FAM129CQ86XR2 697 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 HID1Q8IV36 788 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 ENKURQ8TC29 256 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 ZFAND2BQ8WV99 257 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 EMID1Q96A84 441 aaPredicted RBP13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 ZNF624Q9P2J8 865 aaPredicted RBP13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 ZNF214Q9UL59 606 aaPredicted RBP13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 SUV39H1O43463 412 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 LYNP07948 512 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 MINDY4Q4G0A6 757 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 CHRAC1Q9NRG0 131 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 ABCB8Q9NUT2 735 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 MFHAS1Q9Y4C4 1052 aa13.06□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 WWP2O00308 870 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 CLDN4O14493 209 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 TEX28O15482 410 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 STK16O75716 305 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 MATN4O95460 622 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 NT5EP21589 574 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 RABGGTBP53611 331 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 CLHC1Q8NHS4 586 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 TBATAQ96M53 351 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 TSSK3Q96PN8 268 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 DGCR6LQ9BY27 220 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 CCDC177Q9NQR7 707 aaPredicted RBP13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 OSER1Q9NX31 292 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 ASB3Q9Y575 518 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 IQCF5A8MTL0 148 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 AP2A1O95782 977 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 ZNF12P17014 697 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 MASP1P48740 699 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 LGALS3BPQ08380 585 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 ZNF155Q12901 538 aaPredicted RBP13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 TOP3AQ13472 1001 aaPredicted RBP13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 DGCR6Q14129 220 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 DLG2Q15700 870 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 XKR4Q5GH76 650 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 MSANTD2Q6P1R3 559 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 HDDC3Q8N4P3 179 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 SLC22A17Q8WUG5 538 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 FUBP3Q96I24 572 aaKnown RBP eCLIP13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 TRNAU1APQ9NX07 287 aaKnown RBP13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 PSMD13Q9UNM6 376 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 PRELID1Q9Y255 219 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 SNX10Q9Y5X0 201 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 A0A1W2PRU2 124 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 NRP1O14786 923 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 SCAMP1O15126 338 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 TRMUO75648 421 aaKnown RBP13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 GNSP15586 552 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 CCNA2P20248 432 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 LAPTM5Q13571 262 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 NDUFAF6Q330K2 333 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 TTC23Q5W5X9 447 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 CNKSR3Q6P9H4 555 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 DLK2Q6UY11 383 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 KIAA0408Q6ZU52 694 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 CHST15Q7LFX5 561 aaPredicted RBP13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 HIST2H2ABQ8IUE6 130 aaPredicted RBP13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 DEPDC4Q8N2C3 294 aa13.05□□□□□ -0.32
PTPRF-215ENST00000496447 PYROXD2Q8N2H3 581 aa13.05□□□□□ -0.32
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 97.8 ms