RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000441089.1

PTPN4-206, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 671 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-206	ENST00000441089	SPHK2	Q9NRA0	654 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PIGV	Q9NUD9	493 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	DNAJC17	Q9NVM6	304 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	GPATCH2L	Q9NWQ4	482 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	COMMD8	Q9NX08	183 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	UBP1	Q9NZI7	540 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PCSK1N	Q9UHG2	260 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SFMBT1	Q9UHJ3	866 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CDC23	Q9UJX2	597 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	NUDT5	Q9UKK9	219 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ACSL6	Q9UKU0	697 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PCDHGA7	Q9Y5G6	932 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PCDHA3	Q9Y5H8	950 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SNX10	Q9Y5X0	201 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CPQ	Q9Y646	472 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	STON1	Q9Y6Q2	735 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ABCA4	P78363	2273 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	FLNA	P21333	2647 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	COL27A1	Q8IZC6	1860 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PCSK5	Q92824	1860 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SYNJ2BP-COX16	A0A087WUM0	186 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CCDC187	A0A096LP49	1063 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089		A0A1W2PPC4	97 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CCDC66	A2RUB6	948 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	OR14I1	A6ND48	311 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ZNF840P	A6NDX5	716 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	MIF4GD	A9UHW6	222 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	WASH3P	C4AMC7	463 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PRRT4	C9JH25	899 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089		M0QYT0	321 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	TNFRSF10C	O14798	259 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	IRAK2	O43187	625 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	MTSS1	O43312	755 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	MSI1	O43347	362 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	HNRNPR	O43390	633 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PSTPIP1	O43586	416 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SIGLEC6	O43699	453 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	AKAP8	O43823	692 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CACNG3	O60359	315 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	MAGEC1	O60732	1142 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	RTN3	O95197	1032 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	OLFM2	O95897	454 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CD48	P09326	243 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ALPPL2	P10696	532 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	LIPC	P11150	499 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CKMT1A	P12532	417 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	RARG	P13631	454 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ZNF16	P17020	682 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	TCP1	P17987	556 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SLC6A4	P31645	630 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SSR1	P43307	286 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	HARS2	P49590	506 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	POLE2	P56282	527 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ZBTB16	Q05516	673 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	DEUP1	Q05D60	604 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ADCY2	Q08462	1091 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	KLRB1	Q12918	225 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	NME3	Q13232	169 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ENPP2	Q13822	863 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	LLGL1	Q15334	1064 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SIX1	Q15475	284 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	KCTD19	Q17RG1	926 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	TMCO4	Q5TGY1	634 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	LRRC38	Q5VT99	294 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SNX30	Q5VWJ9	437 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	MSANTD2	Q6P1R3	559 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	MFSD7	Q6UXD7	560 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	GK5	Q6ZS86	529 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	STRADA	Q7RTN6	431 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ZNF572	Q7Z3I7	529 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	FAM131B	Q86XD5	332 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	FAM129C	Q86XR2	697 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	IGDCC3	Q8IVU1	814 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	RHOT1	Q8IXI2	618 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	KATNAL2	Q8IYT4	538 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PYROXD2	Q8N2H3	581 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CCDC185	Q8N715	623 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ZNF655	Q8N720	491 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	OR4C6	Q8NH72	309 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	NKD1	Q969G9	470 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	WBP2	Q969T9	261 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	PGAP3	Q96FM1	320 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ATXN7L3B	Q96GX2	97 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CAPZA3	Q96KX2	299 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	FCRL2	Q96LA5	508 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SLITRK1	Q96PX8	696 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CARD6	Q9BX69	1037 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CARD9	Q9H257	536 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	CCSER2	Q9H7U1	834 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	ZWILCH	Q9H900	591 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	AASDHPPT	Q9NRN7	309 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	MTPAP	Q9NVV4	582 aa	Known RBP eCLIP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SMPD4	Q9NXE4	827 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	COX16	Q9P0S2	106 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	XPO7	Q9UIA9	1087 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	LCMT1	Q9UIC8	334 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	FZD10	Q9ULW2	581 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	STAP1	Q9ULZ2	295 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SH3BP1	Q9Y3L3	701 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-206	ENST00000441089	SAR1B	Q9Y6B6	198 aa		4.84	□□□□□ -1.63

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