RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000409945.1

USP40-202, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene USP40, Length 1,946 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-202ENST00000409945 CNOT11Q9UKZ1 510 aaKnown RBP6.61□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 MTCL1Q9Y4B5 1905 aaKnown RBP6.61□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 AP4M1O00189 453 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 CCL16O15467 120 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 STX10O60499 249 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 RFPL2O75678 378 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 RHOBTB3O94955 611 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 WEE2P0C1S8 567 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 DRD1P21728 446 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 AARSP49588 968 aaKnown RBP eCLIP6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 TNNC1P63316 161 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 ACOX1Q15067 660 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 MAPRE1Q15691 268 aaKnown RBP6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 MZT2AQ6P582 158 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 CRELD2Q6UXH1 353 aaPredicted RBP6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 GUF1Q8N442 669 aaKnown RBP6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 SIMC1Q8NDZ2 872 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 ASB12Q8WXK4 309 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 ANP32BQ92688 251 aaKnown RBP6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 CCDC127Q96BQ5 260 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 MMS19Q96T76 1030 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 MTMR12Q9C0I1 747 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 MMRN2Q9H8L6 949 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 PDE11AQ9HCR9 933 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 ASAH2Q9NR71 780 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 RAPGEFL1Q9UHV5 662 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 MUTYHQ9UIF7 546 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 ASB3Q9Y575 518 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 UTP18Q9Y5J1 556 aaKnown RBP eCLIP6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 TCHHQ07283 1943 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 C2CD4DB7Z1M9 353 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 CCNT2O60583 730 aaKnown RBP6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 CNTFP26441 200 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 EPHA3P29320 983 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 CASP1P29466 404 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 CYP24A1Q07973 514 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 STK4Q13043 487 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 GPR17Q13304 367 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 PSMD6Q15008 389 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 AASDHQ4L235 1098 aaPredicted RBP6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 INTS8Q75QN2 995 aaKnown RBP6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 GRASPQ7Z6J2 395 aaPredicted RBP6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 KRT73Q86Y46 540 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 CBWD2Q8IUF1 395 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 SPPL2BQ8TCT7 592 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 GPT2Q8TD30 523 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 FBXL20Q96IG2 436 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 HPDLQ96IR7 371 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 DDX23Q9BUQ8 820 aaKnown RBP6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 GPR88Q9GZN0 384 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 SNX25Q9H3E2 840 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 MFSD1Q9H3U5 465 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 EHD2Q9NZN4 543 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 KCND3Q9UK17 655 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 REXO2Q9Y3B8 237 aaKnown RBP6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 INSL5Q9Y5Q6 135 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 SNX9Q9Y5X1 595 aa6.6□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 PIPSLA2A3N6 862 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 PSMA7O14818 248 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 CETN3O15182 167 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 MAPK13O15264 365 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 TGFB1I1O43294 461 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 NR3C1P04150 777 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 EPB41P11171 864 aaKnown RBP6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 NR2F2P24468 414 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 FPR3P25089 353 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 PSMC2P35998 433 aaKnown RBP6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 PLA2G5P39877 138 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 UBE2HP62256 183 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 RPL10AP62906 217 aaKnown RBP6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 AP2B1P63010 937 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 ZXDAP98168 799 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 E2F1Q01094 437 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 SIGLEC14Q08ET2 396 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 FOXI1Q12951 378 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 TDGQ13569 410 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 SLC39A12Q504Y0 691 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 CD300LGQ6UXG3 332 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 C4orf50Q6ZRC1 276 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 TRAPPC11Q7Z392 1133 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 CPOQ8IVL8 374 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 EFCAB13Q8IY85 973 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 ABHD5Q8WTS1 349 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 ZNF707Q96C28 371 aaPredicted RBP6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 CDK5RAP1Q96SZ6 601 aaKnown RBP6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 PRRX2Q99811 253 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 ACBD6Q9BR61 282 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 FGFBP2Q9BYJ0 223 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 SLITRK6Q9H5Y7 841 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 GDAP2Q9NXN4 497 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 GDE1Q9NZC3 331 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 EPS15L1Q9UBC2 864 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 CDH7Q9ULB5 785 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 RCE1Q9Y256 329 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 PLXNA3P51805 1871 aa6.59□□□□□ -1.35
USP40-202ENST00000409945 ATP8B3O60423 1300 aa6.58□□□□□ -1.36
USP40-202ENST00000409945 MGST3O14880 152 aa6.58□□□□□ -1.36
USP40-202ENST00000409945 IKBKBO14920 756 aa6.58□□□□□ -1.36
USP40-202ENST00000409945 NCAM2O15394 837 aa6.58□□□□□ -1.36
USP40-202ENST00000409945 ADAM12O43184 909 aa6.58□□□□□ -1.36
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