RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000538708.5

PTPRB-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-204ENST00000538708 DEFB107AQ8IZN7 70 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 FUBP3Q96I24 572 aaKnown RBP eCLIP9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 CSPG4P5Q96PW8 444 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 ARHGAP39Q9C0H5 1083 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 STRADBQ9C0K7 418 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 WNT6Q9Y6F9 365 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 C9IYK1 514 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 ATP5F1P24539 256 aaPredicted RBP9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 CSTF2P33240 577 aaKnown RBP eCLIP9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 PTSQ03393 145 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 ELOAQ14241 798 aaKnown RBP9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 CDC73Q6P1J9 531 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 PMF1Q6P1K2 205 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 BTN2A1Q7KYR7 527 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 SH3RF1Q7Z6J0 888 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 SLC4A11Q8NBS3 891 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 RNF145Q96MT1 663 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 IKZF4Q9H2S9 585 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 EBF3Q9H4W6 596 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 MRPS30Q9NP92 439 aaKnown RBP9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 DNAJC11Q9NVH1 559 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 FBXL12Q9NXK8 326 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 FBXW2Q9UKT8 454 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 PCDHGC4Q9Y5F7 938 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 COL1A1P02452 1464 aaPredicted RBP9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 KLF8O95600 359 aaPredicted RBP9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 RAD23AP54725 363 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 GHRHRQ02643 423 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 ST3GAL1Q11201 340 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 PTPN20Q4JDL3 420 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 TAPT1Q6NXT6 567 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 P4HA3Q7Z4N8 544 aa9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 ELL3Q9HB65 397 aaPredicted RBP9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 COPG1Q9Y678 874 aaKnown RBP9.45□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 IGKV6D-41A0A0C4DH26 115 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 MYL12BO14950 172 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 B3GALT2O43825 422 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 PSMC3P17980 439 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 FASP25445 335 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 TPP2P29144 1249 aaPredicted RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 GRIA4P48058 902 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 TAS2R41P59536 307 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 SLC13A2Q13183 592 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 RAPSNQ13702 412 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 ITIH4Q14624 930 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 PUS10Q3MIT2 529 aaKnown RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 CEP78Q5JTW2 689 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 POTEHQ6S545 545 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 GDPD4Q6W3E5 623 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 LRRC55Q6ZSA7 311 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 FAM98AQ8NCA5 519 aaKnown RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 SCAMP5Q8TAC9 235 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 STYXQ8WUJ0 223 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 TRIB2Q92519 343 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 PDLIM2Q96JY6 352 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 SMG9Q9H0W8 520 aaKnown RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 CYP8B1Q9UNU6 501 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 POLR3HQ9Y535 204 aaPredicted RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 PLIN4Q96Q06 1357 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 NEMP2A6NFY4 417 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 TIPRLO75663 272 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 MT-CYBP00156 380 aaPredicted RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 SOD2P04179 222 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 JMJD7P0C870 316 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 UBTFL6P0CB48 400 aaPredicted RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 ARRB1P49407 418 aaPredicted RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 STXBP1P61764 594 aaKnown RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 NR1D2Q14995 579 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 TXNDC8Q6A555 127 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 EIF3MQ7L2H7 374 aaKnown RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 LPCAT2Q7L5N7 544 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 FNDC11Q9BVV2 318 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 GBA3Q9H227 469 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 PNO1Q9NRX1 252 aaKnown RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 SPATS2LQ9NUQ6 558 aaKnown RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 TDP1Q9NUW8 608 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 EXD2Q9NVH0 621 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 TLR6Q9Y2C9 796 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 INSL5Q9Y5Q6 135 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 PEAK1Q9H792 1746 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 A0A0U1RQF3 1178 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 BCLAF3A2AJT9 711 aaKnown RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 C5orf60A6NFR6 353 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 COL6A1P12109 1028 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 PRKCIP41743 596 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 DEFA1P59665 94 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 DEFA3P59666 94 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 LPIN1Q14693 890 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 DEF8Q6ZN54 512 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 RTL3Q8N8U3 475 aaKnown RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF607Q96SK3 696 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 RACGAP1Q9H0H5 632 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 EPB41L4BQ9H329 900 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 SERHL2Q9H4I8 314 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 SERHLQ9NQF3 203 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 GKN1Q9NS71 199 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 DMGDHQ9UI17 866 aaKnown RBP9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 ATRNL1Q5VV63 1379 aa9.44□□□□□ -0.9
PTPRB-204ENST00000538708 IRAK2O43187 625 aa9.44□□□□□ -0.9
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 49.3 ms