RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000498751.1

SYNE1-231, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 4

Gene SYNE1, Length 578 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-231	ENST00000498751	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	DUSP27	Q5VZP5	1158 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	RUNDC1	Q96C34	613 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	PPP4R2	Q9NY27	417 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	NWD1	Q149M9	1564 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	NALCN	Q8IZF0	1738 aa		10.12	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	OVOS2	A0A0J9YW53	1432 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	USP6	P35125	1406 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	OVOS2	Q6IE36	1432 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	AMOTL2	Q9Y2J4	779 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	USP31	Q70CQ4	1352 aa		10.11	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751		E9PSI1	815 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	WDR63	Q8IWG1	891 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	RCAN3	Q9UKA8	241 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	FMN2	Q9NZ56	1722 aa		10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	TTC21A	Q8NDW8	1320 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	RRP1	P56182	461 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	IFNLR1	Q8IU57	520 aa	Predicted RBP	10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	PLEKHF1	Q96S99	279 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	PNN	Q9H307	717 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		10.09	□□□□□ -0.79
SYNE1-231	ENST00000498751	APAF1	O14727	1248 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	GGNBP2	Q9H3C7	697 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	KIF24	Q5T7B8	1368 aa		10.08	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	WWC1	Q8IX03	1113 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	CDCA7L	Q96GN5	454 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	POLK	Q9UBT6	870 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	COLQ	Q9Y215	455 aa	Predicted RBP	10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	NPHP4	O75161	1426 aa	Predicted RBP	10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	IL16	Q14005	1332 aa		10.07	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	FCHSD2	O94868	740 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	TMEM106C	Q9BVX2	250 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	PCDHB8	Q9UN66	801 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	ADGRL3	Q9HAR2	1447 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	TTC21B	Q7Z4L5	1316 aa		10.06	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	DIAPH1	O60610	1272 aa	Known RBP	10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	TCP11L2	Q8N4U5	519 aa		10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	ACE	P12821	1306 aa		10.05	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	KCNA6	P17658	529 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	GSE1	Q14687	1217 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	BCAN	Q96GW7	911 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	COG3	Q96JB2	828 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	MST1R	Q04912	1400 aa		10.04	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	10.03	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	RGPD1	P0DJD0	1748 aa		10.02	□□□□□ -0.8
SYNE1-231	ENST00000498751	IL13	P35225	146 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	IER5L	Q5T953	404 aa		10.02	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	DCC	P43146	1447 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	PHRF1	Q9P1Y6	1649 aa	Known RBP	10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	U2AF1L5	P0DN76	240 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	TMPO	P42166	694 aa	Known RBP	10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	U2AF1	Q01081	240 aa	Known RBP eCLIP	10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	AAMP	Q13685	434 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	NME9	Q86XW9	330 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	CCDC146	Q8IYE0	955 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	SPOCK2	Q92563	424 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		10.01	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	PIK3C2A	O00443	1686 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	TNNT2	P45379	298 aa	Predicted RBP	10	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		10	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	MARF1	Q9Y4F3	1742 aa	Known RBP	9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	SEC24B	O95487	1268 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	PDE3A	Q14432	1141 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	MAMSTR	Q6ZN01	415 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	SUGP2	Q8IX01	1082 aa	Known RBP eCLIP	9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	ZNF428	Q96B54	188 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	SALL2	Q9Y467	1007 aa	Predicted RBP	9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	SBNO1	A3KN83	1393 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	KDR	P35968	1356 aa		9.99	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	CHRM1	P11229	460 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	BRPF1	P55201	1214 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	PEAK1	Q9H792	1746 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	RTL1	A6NKG5	1358 aa		9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	9.98	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	KIF1A	Q12756	1690 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	MAPK8IP3	Q9UPT6	1336 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	FLT4	P35916	1363 aa		9.97	□□□□□ -0.81
SYNE1-231	ENST00000498751	CALD1	Q05682	793 aa	Known RBP	9.96	□□□□□ -0.82
SYNE1-231	ENST00000498751	TSHZ2	Q9NRE2	1034 aa		9.96	□□□□□ -0.82
SYNE1-231	ENST00000498751	EMILIN1	Q9Y6C2	1016 aa		9.96	□□□□□ -0.82
SYNE1-231	ENST00000498751	ARHGEF10	O15013	1369 aa		9.96	□□□□□ -0.82
SYNE1-231	ENST00000498751	U2SURP	O15042	1029 aa	Known RBP	9.95	□□□□□ -0.82
SYNE1-231	ENST00000498751	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	9.95	□□□□□ -0.82
SYNE1-231	ENST00000498751	NFE2L2	Q16236	605 aa		9.95	□□□□□ -0.82
SYNE1-231	ENST00000498751	ZNF467	Q7Z7K2	595 aa	Predicted RBP	9.95	□□□□□ -0.82
SYNE1-231	ENST00000498751	SCUBE2	Q9NQ36	999 aa		9.95	□□□□□ -0.82
SYNE1-231	ENST00000498751	SLIT3	O75094	1523 aa		9.95	□□□□□ -0.82
SYNE1-231	ENST00000498751	NEFM	P07197	916 aa		9.94	□□□□□ -0.82
SYNE1-231	ENST00000498751	ZNF853	P0CG23	659 aa		9.94	□□□□□ -0.82
SYNE1-231	ENST00000498751	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	9.94	□□□□□ -0.82
SYNE1-231	ENST00000498751	IRX5	P78411	483 aa	Predicted RBP	9.94	□□□□□ -0.82
SYNE1-231	ENST00000498751	LMOD3	Q0VAK6	560 aa		9.94	□□□□□ -0.82
SYNE1-231	ENST00000498751	NGDN	Q8NEJ9	315 aa	Known RBP	9.94	□□□□□ -0.82

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