RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556210.1

CUX1-215, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC

Gene CUX1, Length 4,044 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-215ENST00000556210 SIX3O95343 332 aaPredicted RBP14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 PARNO95453 639 aaKnown RBP14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 LINC00032P0C843 101 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 FGF3P11487 239 aaPredicted RBP14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 NFKBIAP25963 317 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 PPM1FP49593 454 aaPredicted RBP14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 TMTC4Q5T4D3 741 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 TRIM8Q9BZR9 551 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 ARHGAP39Q9C0H5 1083 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 KCNK13Q9HB14 408 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 STARD7Q9NQZ5 370 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 ENTPD7Q9NQZ7 604 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 ZDHHC2Q9UIJ5 367 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 RAP2CQ9Y3L5 183 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 TLL2Q9Y6L7 1015 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 KIAA0100Q14667 2235 aaKnown RBP14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 C15orf38-AP3S2A0A0A6YYH1 394 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 HEATR9A2RTY3 570 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 ZNF839A8K0R7 811 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 ITGBL1O95965 494 aaPredicted RBP14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 HLA-DQB2P05538 268 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 PIK3CGP48736 1102 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 POU4F1Q01851 419 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 STX5Q13190 355 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 NAPRTQ6XQN6 538 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 ARPINQ7Z6K5 226 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 DSELQ8IZU8 1212 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 OR7D4Q8NG98 312 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 SHKBP1Q8TBC3 707 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 VAT1Q99536 393 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 VRTNQ9H8Y1 702 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 VPS28Q9UK41 221 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 POMPQ9Y244 141 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 PCDHGC4Q9Y5F7 938 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 ZNF559-ZNF177A0A0A6YYI6 481 aaPredicted RBP14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 A0A0U1RQS6 177 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 PSMD12O00232 456 aaPredicted RBP14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 E2F6O75461 281 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 CNTN5O94779 1100 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 SLC2A3P11169 496 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 ALDH7A1P49419 539 aaKnown RBP14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 ZNF177Q13360 481 aaPredicted RBP14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 TUSC3Q13454 348 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 NFE2Q16621 373 aaPredicted RBP14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 INTS6LQ5JSJ4 861 aaKnown RBP14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 MBLAC2Q68D91 279 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 MILR1Q7Z6M3 343 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 OR9I1Q8NGQ6 314 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 PTPN18Q99952 460 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 SIRPGQ9P1W8 387 aa14.96□□□□□ -0.01
CUX1-215ENST00000556210 RGSL1A5PLK6 1076 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 AP3B1O00203 1094 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 INPP4BO15327 924 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 DDX39BQ13838 428 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 AAGABQ6PD74 315 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 DCLRE1AQ6PJP8 1040 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 TMLHEQ9NVH6 421 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 PKP3Q9Y446 797 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 CNTRLQ7Z7A1 2325 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 TLR5O60602 858 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 CTPS1P17812 591 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 WARSP23381 471 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 HMOX2P30519 316 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 GRIA3P42263 894 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 CAPRIN1Q14444 709 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 OR52E8Q6IFG1 317 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 ZNF786Q8N393 782 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 ZFAND2BQ8WV99 257 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 TBRG4Q969Z0 631 aaKnown RBP eCLIP14.95□□□□□ -0.027e-7■■■■■ 55.8
CUX1-215ENST00000556210 NUMBLQ9Y6R0 609 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 LTBP3Q9NS15 1303 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 FAM149AA5PLN7 773 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 ARSAP15289 507 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 CES1P23141 567 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 OXCT1P55809 520 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 KBTBD2Q8IY47 623 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 ATXN10Q9UBB4 475 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 FETUBQ9UGM5 382 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 VWA7Q9Y334 891 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 PALM2-AKAP2B1ALY0 433 aaPredicted RBP14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 TMCC1O94876 653 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 PSMC3P17980 439 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 DLG1Q12959 904 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 GRB14Q14449 540 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 AGMOQ6ZNB7 445 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 ZNF280BQ86YH2 543 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 MAPK15Q8TD08 544 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 APBB2Q92870 758 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 MTFMTQ96DP5 389 aaKnown RBP14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 VPS50Q96JG6 964 aa14.95□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 CENPFP49454 3210 aa14.94□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 SMIM31A0A1B0GVY4 71 aa14.94□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 DNAJA2O60884 412 aa14.94□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 RHOCP08134 193 aa14.94□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 FAM58BPP0C7Q3 252 aa14.94□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 RPL5P46777 297 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 RAP1GDS1P52306 607 aa14.94□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 PPIDQ08752 370 aaKnown RBP14.94□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 B3GNT6Q6ZMB0 384 aa14.94□□□□□ -0.02
CUX1-215ENST00000556210 FAM43BQ6ZT52 329 aaPredicted RBP14.94□□□□□ -0.02
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19.5 ms