RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 LUC7LQ9NQ29 371 aaKnown RBP15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ARID1BQ8NFD5 2236 aaPredicted RBP15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 NEMP1O14524 444 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 RAD51BO15315 384 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 KRT1P04264 644 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 CEACAM1P13688 526 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 KCNA4P22459 653 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 RENBPP51606 427 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 CLDN2P57739 230 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 NXPH1P58417 271 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 MAXP61244 160 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SHBQ15464 509 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 MARC1Q5VT66 337 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SLC9A4Q6AI14 798 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 MFSD7Q6UXD7 560 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 GCNT7Q6ZNI0 430 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 TPCN2Q8NHX9 752 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SKA1Q96BD8 255 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 BMFQ96LC9 184 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 TSGA13Q96PP4 275 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 NUDCD1Q96RS6 583 aa15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 DDX56Q9NY93 547 aaKnown RBP15.97■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 A0A1B0GTQ1 180 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 CCNCP24863 283 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SERPINA4P29622 427 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 HSPA9P38646 679 aaKnown RBP15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 MMP13P45452 471 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 AP1S1P61966 158 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 FAM193AP78312 1265 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 BCL2L1Q07817 233 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 OVGP1Q12889 678 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 HNRNPDQ14103 355 aaKnown RBP15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 IFI16Q16666 785 aaKnown RBP15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 SLC45A4Q5BKX6 768 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 N4BP2L1Q5TBK1 243 aaPredicted RBP15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 BRAT1Q6PJG6 821 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ABI3BPQ7Z7G0 1075 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 MAML1Q92585 1016 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 HDAC11Q96DB2 347 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 ELF4Q99607 663 aaPredicted RBP15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 NOD2Q9HC29 1040 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 PCDH12Q9NPG4 1184 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 GDF3Q9NR23 364 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 PCDHGB2Q9Y5G2 931 aa15.96■□□□□ 0.15
CLN3-201ENST00000333496 POM121BA6NF01 834 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 RIOK3O14730 519 aaKnown RBP15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 MATN3O15232 486 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PJA2O43164 708 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PSTPIP1O43586 416 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 MMP20O60882 483 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PRKCGP05129 697 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 ADRB1P08588 477 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 AKT2P31751 481 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 MARCKSL1P49006 195 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 VAV2P52735 878 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 IL9RQ01113 521 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 FOXK2Q01167 660 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 SEMG2Q02383 582 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 TAZQ16635 292 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 TMEM52BQ4KMG9 183 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 C11orf63Q6NUN7 778 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 NPNTQ6UXI9 565 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 NAXDQ8IW45 347 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 OR13H1Q8NG92 308 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 NSMCE1Q8WV22 266 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 FATE1Q969F0 183 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 KLHDC7BQ96G42 594 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 LENG8Q96PV6 779 aaPredicted RBP15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 WRAP53Q9BUR4 548 aaKnown RBP15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 NT5MQ9NPB1 228 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 PCDHGC4Q9Y5F7 938 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 HS3ST3A1Q9Y663 406 aa15.95■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 A0A0U1RQJ8 604 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 BTNL10A8MVZ5 291 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 HTRA2O43464 458 aaPredicted RBP15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 RRP9O43818 475 aaKnown RBP15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 CBFA2T3O75081 653 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 IPO7O95373 1038 aaKnown RBP15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 THEGLP0DJG4 465 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 CDKN2BP42772 138 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 CCT8P50990 548 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 SUOXP51687 545 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 GSDMDP57764 484 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 ELP6Q0PNE2 266 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 IHHQ14623 411 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 FAM182AQ5T1J6 154 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 TIGD7Q6NT04 549 aaPredicted RBP15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 KDM7AQ6ZMT4 941 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 SLC22A18ASQ8N1D0 253 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 BBS5Q8N3I7 341 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 ASB12Q8WXK4 309 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 KRT35Q92764 455 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 CENPTQ96BT3 561 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 LGMNQ99538 433 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 SLC32A1Q9H598 525 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 ERVMER34-1Q9H9K5 563 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 SCUBE2Q9NQ36 999 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 GPR27Q9NS67 375 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 BTBD3Q9Y2F9 522 aa15.94■□□□□ 0.14
CLN3-201ENST00000333496 HEY1Q9Y5J3 304 aa15.94■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 38.8 ms